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- PDB-1di1: CRYSTAL STRUCTURE OF ARISTOLOCHENE SYNTHASE FROM PENICILLIUM ROQU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1di1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ARISTOLOCHENE SYNTHASE FROM PENICILLIUM ROQUEFORTI
要素ARISTOLOCHENE SYNTHASE
キーワードLYASE / SESQUITERPENE CYCLASE / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


aristolochene synthase / aristolochene synthase activity / small molecule metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium roqueforti (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Caruthers, J.M. / Kang, I. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. / Rynkiewicz, M.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure determination of aristolochene synthase from the blue cheese mold, Penicillium roqueforti.
著者: Caruthers, J.M. / Kang, I. / Rynkiewicz, M.J. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録1999年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARISTOLOCHENE SYNTHASE
B: ARISTOLOCHENE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9942
ポリマ－68,9942
非ポリマー00
水5,963331
1
A: ARISTOLOCHENE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4971
ポリマ－34,4971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ARISTOLOCHENE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4971
ポリマ－34,4971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.200, 208.200, 139.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 ARISTOLOCHENE SYNTHASE / SESQUITERPENE CYCLASE / AS


分子量: 34497.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium roqueforti (菌類) / プラスミド: PZW04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03471, EC: 4.1.99.7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5M NACL, 4% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 72 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 %PEG60001reservoir
20.5 M1reservoirNaCl
313 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.71069
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71069 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 166088 / Num. obs: 46972 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / % possible all: 86
反射
*PLUS
Num. measured all: 166088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.273 4420 RANDOM
Rwork0.247 --
all0.248 43895 -
obs0.248 39475 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4692 0 0 331 5023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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