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- PDB-1dhy: KKS102 BPHC ENZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dhy
タイトルKKS102 BPHC ENZYME
要素2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (OXYGENASE) / EXTRADIOL TYPE DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase / biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase activity / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. ...2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Senda, T. / Sugiyama, K. / Narita, H. / Mitsui, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional structures of free form and two substrate complexes of an extradiol ring-cleavage type dioxygenase, the BphC enzyme from Pseudomonas sp. strain KKS102.
著者: Senda, T. / Sugiyama, K. / Narita, H. / Yamamoto, T. / Kimbara, K. / Fukuda, M. / Sato, M. / Yano, K. / Mitsui, Y.
履歴
登録1995年7月7日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2072
ポリマ－32,1521
非ポリマー561
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,65916
ポリマ－257,2128
非ポリマー4478
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area17780 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area73750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.000, 123.000, 110.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 4 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 4 0.000000 -1.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 5 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 5 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 5 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 6 0.000000 -1.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY2 6 -1.000000 0.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY3 6 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 7 0.000000 -1.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY2 7 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 7 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 288 SYMMETRY1 8 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 8 -1.000000 0.000000 0.000000 123.00000 SYMMETRY3 8 0.000000 0.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE / KKS102 BPHC ENZYME


分子量: 32151.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: BPHC / プラスミド: PHNA2 / 遺伝子 (発現宿主): BPHC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LACUV5 / 参照: UniProt: P17297, biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sugiyama, K., (1995) Proteins: Struct. Funct. Genet., 22, 284.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 mg/mlprotein1drop
20.9 Mammonium sulfate1reservoir
310 %MPD1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoirpH7.5

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月11日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 14584 / % possible obs: 77.2 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 34668 / % possible obs: 88.4 % / Num. measured all: 200071 / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rfree0.246 -
Rwork0.186 -
obs0.186 14584
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2152 0 1 39 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. reflection obs: 34387 / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.243
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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