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- PDB-1dgw: Structure of the rhombohedral crystal of canavalin from jack bean -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dgw
タイトルStructure of the rhombohedral crystal of canavalin from jack bean
要素(CANAVALIN) x 3
キーワードPLANT PROTEIN / DUPLICATED SWISS-ROLL BETA BARRELS / LOOPS WITH ALPHA HELICES / MEROHEDRAL/ HEMIHEDRAL TWINNING
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #840 / Jelly Rolls - #1450 / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #840 / Jelly Rolls - #1450 / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Canavalin
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ko, T.-P. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: X-ray diffraction and atomic force microscopy analysis of twinned crystals: rhombohedral canavalin.
著者: Ko, T.P. / Kuznetsov, Y.G. / Malkin, A.J. / Day, J. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Determination of three crystal structures of canavalin by molecular replacement
著者: Ko, T.-P. / Ng, J.D. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
履歴
登録1999年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CANAVALIN
X: CANAVALIN
Y: CANAVALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0784
ポリマ－39,9833
非ポリマー951
水5,260292
1
A: CANAVALIN
X: CANAVALIN
Y: CANAVALIN
ヘテロ分子

A: CANAVALIN
X: CANAVALIN
Y: CANAVALIN
ヘテロ分子

A: CANAVALIN
X: CANAVALIN
Y: CANAVALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,23412
ポリマ－119,9499
非ポリマー2853
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area45610 Å2
ΔGint-291 kcal/mol
Surface area38050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.876, 136.876, 76.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 CANAVALIN


分子量: 20640.342 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 46-223 / 由来タイプ: 天然
詳細: LEGUME STORAGE PROTEIN; LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN
由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 器官: SEED / 組織: COTYLEDON / 参照: UniProt: P50477
#2: タンパク質 CANAVALIN


分子量: 9073.182 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 246-324 / 由来タイプ: 天然
詳細: LEGUME STORAGE PROTEIN; LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN
由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 器官: SEED / 組織: COTYLEDON / 参照: UniProt: P50477
#3: タンパク質 CANAVALIN


分子量: 10269.446 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 331-423 / 由来タイプ: 天然
詳細: LEGUME STORAGE PROTEIN; LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN
由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 器官: SEED / 組織: COTYLEDON / 参照: UniProt: P50477
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.8
詳細: DULBECCO'S PHOSPHATE BUFFERED SALINE, AMMONIUM HYDROXIDE (TRACE), MICROGRAVITY, pH 6.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Koszelak, S., (1995) Biophys. J., 69, 13.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→300 Å / Num. all: 56649 / Num. obs: 56649 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / % possible all: 81.1
反射
*PLUS
最低解像度: 300 Å / Num. measured all: 343806 / Rmerge(I) obs: 0.0885
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.1 % / Num. unique obs: 6947 / Num. measured obs: 16233 / Mean I/σ(I) obs: 1.05

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解析

ソフトウェア
名称分類
SDMSデータ収集
SDMSデータ削減
MERLOT位相決定
CNS精密化
SDMSデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→300 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: THE REFINEMENT USED A TWIN FRACTION OF 0.426.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3869 -RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.196 55919 --
obs0.192 48927 83.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→300 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2782 0 5 292 3079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007132
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44828
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 500 Å / Num. reflection obs: 49983 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.924
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.78 Å / Rfactor Rfree: 0.386 / Rfactor Rwork: 0.375 / Num. reflection obs: 4062

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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