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- PDB-1dgs: CRYSTAL STRUCTURE OF NAD+-DEPENDENT DNA LIGASE FROM T. FILIFORMIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dgs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NAD+-DEPENDENT DNA LIGASE FROM T. FILIFORMIS
要素DNA LIGASE
キーワードLIGASE / AMP COMPLEX / NAD+-DEPENDENT
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / DNA replication / DNA repair / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold ...DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus filiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Chang, C. / Song, H.K. / Kwon, S.T. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of NAD(+)-dependent DNA ligase: modular architecture and functional implications.
著者: Lee, J.Y. / Chang, C. / Song, H.K. / Moon, J. / Yang, J.K. / Kim, H.K. / Kwon, S.T. / Suh, S.W.
履歴
登録1999年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA LIGASE
B: DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,8216
ポリマ－151,9962
非ポリマー8254
水4,360242
1
A: DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4113
ポリマ－75,9981
非ポリマー4132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4113
ポリマ－75,9981
非ポリマー4132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.210, 117.330, 97.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DNA LIGASE


分子量: 75997.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AMP IS BONDED TO LYS116 / 由来: (天然) Thermus filiformis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9ZHI0, DNA ligase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
解説: INVERSE BEAM GEOMETRY AT THREE WAVELENTHS METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MAD
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMsodium citrate1reservoir
25 %MPEG50001reservoir
35 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9400, 0.9784, 0.9788
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.941
20.97841
30.97881
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 40641 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 79.2
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 215788 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 114414.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 3616 10 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs-36060 89.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 13.4 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.37 Å20 Å28.28 Å2
2--5.04 Å20 Å2
3---5.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9386 0 46 242 9674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 489 10.5 %
Rwork0.309 4183 -
obs--69.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARH_LEE.PROTOPH_LEE.PRO
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.393 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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