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- PDB-1dgn: SOLUTION STRUCTURE OF ICEBERG, AN INHIBITOR OF INTERLEUKIN-1BETA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dgn
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF ICEBERG, AN INHIBITOR OF INTERLEUKIN-1BETA GENERATION
要素ICEBERG (PROTEASE INHIBITOR)
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / ANTIPARALLEL SIX-HELIX BUNDLE / GREEK-KEY
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase binding / CARD domain binding / negative regulation of interleukin-1 beta production / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of protein binding / regulation of apoptotic process / inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activity / protein-containing complex / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Humke, E.W. / Shriver, S.K. / Starovasnik, M.A. / Fairbrother, W.J. / Dixit, V.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: ICEBERG: a novel inhibitor of interleukin-1beta generation.
著者: Humke, E.W. / Shriver, S.K. / Starovasnik, M.A. / Fairbrother, W.J. / Dixit, V.M.
履歴
登録1999年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ICEBERG (PROTEASE INHIBITOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0241
ポリマ－10,0241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #2closest to the average

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要素

#1: タンパク質 ICEBERG (PROTEASE INHIBITOR)


分子量: 10023.684 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57730

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
121HNHA
131HNHB
1413D 15N-SEPARATED ROESY
1513D 15N-SEPARATED TOCSY
2623D 13C-SEPARATED NOESY

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試料調製

詳細内容: 2MM ICEBERG U-15N; 50MM SODIUM ACETATE-D3; 20 MM DTT-D10; 1MM SODIUM AZIDE 2MM ICEBERG U-15N,13C; 50MM SODIUM ACETATE-D3; 20MM DTT-D10; 1MM SODIUM AZIDE 2MM ICEBERG 15%-13C; 50MM SODIUM ...内容: 2MM ICEBERG U-15N; 50MM SODIUM ACETATE-D3; 20 MM DTT-D10; 1MM SODIUM AZIDE 2MM ICEBERG U-15N,13C; 50MM SODIUM ACETATE-D3; 20MM DTT-D10; 1MM SODIUM AZIDE 2MM ICEBERG 15%-13C; 50MM SODIUM ACETATE-D3; 20MM DTT-D10; 1MM SODIUM AZIDE
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM SODIUM ACETATE 3.8AMBIENT 303 K
250 mM SODIUM ACETATE 3.8AMBIENT 303 K
350 mM SODIUM ACETATE 3.8AMBIENT 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1BRUKERcollection
Felix97MSI解析
Felix97MSIデータ解析
X-PLOR98.1MSI精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1050 NON-REDUNDANT NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS 88 HYDROGEN-BOND RESTRAINTS 100 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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