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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dfn | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DEFENSIN HNP-3, AN AMPHIPHILIC DIMER: MECHANISMS OF MEMBRANE PERMEABILIZATION | ||||||
![]() | DEFENSIN HNP-3 | ||||||
![]() | DEFENSIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() pore-forming activity / Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / extracellular matrix ...pore-forming activity / Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / extracellular matrix / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Hill, C.P. / Yee, J. / Selsted, M.E. / Eisenberg, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of defensin HNP-3, an amphiphilic dimer: mechanisms of membrane permeabilization. 著者: Hill, C.P. / Yee, J. / Selsted, M.E. / Eisenberg, D. #1: ![]() タイトル: Primary Structures of Three Human Neutrophil Defensins 著者: Selsted, M.E. / Harwig, S.S.L. / Ganz, T. / Schilling, J.W. / Lehrer, R.I. #2: ![]() タイトル: Defensins. Natural Peptide Antibiotics of Human Neutrophils 著者: Ganz, T. / Selsted, M.E. / Szklarek, D. / Harwig, S.S.L. / Daher, K. / Bainton, D.F. / Lehrer, R.I. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THERE IS A CLASSIC BULGE INVOLVING RESIDUES 17, 18, AND 29 FOR EACH OF THE CHAINS. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES A 8 AND B 8 ARE CIS PROLINES. 2: THERE IS A CLASSIC BULGE INVOLVING RESIDUES 17, 18, AND 29 FOR EACH OF THE CHAINS. | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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詳細 | THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*. EACH OF THE TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A THREE STRAND ANTIPARALLEL SHEET. A LOCAL TWO-FOLD AXIS RELATING MOLECULES *A* AND *B* RESULTS IN A SIX-STRANDED ANTIPARALLEL SHEET IN THE DIMER. THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE RELATED TO EACH OTHER BY A LOCAL TWO-FOLD AXIS. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3496.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE 30 RESIDUES IN HNP-3 HAVE BEEN NUMBERED FROM 2 - 31 IN ORDER TO BETTER FIT THE SEQUENCE ...THE 30 RESIDUES IN HNP-3 HAVE BEEN NUMBERED FROM 2 - 31 IN ORDER TO BETTER FIT THE SEQUENCE ALIGNMENT WITH OTHER DEFENSIN MOLECULES. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 4524 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 22975 / Rmerge F obs: 0.054 / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→10 Å / Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 4448 / Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |