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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dfk | ||||||
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タイトル | NUCLEOTIDE-FREE SCALLOP MYOSIN S1-NEAR RIGOR STATE | ||||||
![]() | (MYOSIN HEAD) x 3 | ||||||
![]() | CONTRACTILE PROTEIN / MYOSIN MOTOR / CONFORMATIONAL CHANGES | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytoskeletal motor regulator activity / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / locomotion / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril ...cytoskeletal motor regulator activity / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / locomotion / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / sarcomere organization / myosin heavy chain binding / mitotic cytokinesis / post-embryonic development / muscle contraction / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Houdusse, A. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three conformational states of scallop myosin S1. 著者: Houdusse, A. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. #1: ![]() タイトル: Atomic structure of scallop myosin subfragment S1 complexed with MgADP: a novel conformation of the myosin head. 著者: Houdusse, A. / Kalabokis, V.N. / Himmel, D. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. #2: ![]() タイトル: Structure of the regulatory domain of scallop myosin at 2 A resolution: implications for regulation. 著者: Houdusse, A. / Cohen, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 362.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 376.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94696.711 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15914.102 Da / 分子数: 1 / 断片: REGULATORY LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 17165.070 Da / 分子数: 1 / 断片: ESSENTIAL LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG8000, ammonium sulfate, cacodylate, glycerol , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 4.2→30 Å / Num. all: 10676 / Num. obs: 139608 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 27 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 4.2→4.27 Å / 冗長度: 1.61 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Num. unique all: 461 / % possible all: 85.2 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 10676 / Num. measured all: 139608 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 4.2→20 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 詳細: At this resolution, we performed only a rigid body refinement. No positional refinement was done.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.2→20 Å
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拘束条件 |
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