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- PDB-1deq: THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1deq
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION)
要素
  • FIBRINOGEN
  • FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
  • FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
  • FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
キーワードBLOOD CLOTTING / COILED-COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / blood coagulation, fibrin clot formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / protein polymerization / fibrinolysis / cell-matrix adhesion / platelet aggregation / protein-macromolecule adaptor activity / : ...blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / blood coagulation, fibrin clot formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / protein polymerization / fibrinolysis / cell-matrix adhesion / platelet aggregation / protein-macromolecule adaptor activity / : / adaptive immune response / signaling receptor binding / innate immune response / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain ...Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen beta chain / Fibrinogen gamma-B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement (using human fragment d coordinates) / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Brown, J.H. / Volkmann, N. / Jun, G. / Henschen-Edman, A.H. / Cohen, C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of modified bovine fibrinogen.
著者: Brown, J.H. / Volkmann, N. / Jun, G. / Henschen-Edman, A.H. / Cohen, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Fibrinogen Structure in Projection at 18 Angstroms Resolution
著者: Rao, S.P.S. / Poojary, M.D. / Elliott Jr., B.W. / Melanson, L.A. / Oriel, B. / Cohen, C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Crystals of Modified Fibrinogen: Size, Shape and Packing of Molecules
著者: Weisel, J.W. / Warren, S.G. / Cohen, C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Crystalline States of a Modified Fibrinogen
著者: Tooney, N.M. / Cohen, C.
履歴
登録1999年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
B: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
C: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
D: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
E: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
F: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
M: FIBRINOGEN
N: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
O: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
P: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
Q: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
R: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
S: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
Z: FIBRINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)560,53814
ポリマ－560,53814
非ポリマー00
水00
1
A: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
B: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
C: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
D: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
E: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
F: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
M: FIBRINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,2697
ポリマ－280,2697
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
O: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
P: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
Q: FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
R: FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
S: FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
Z: FIBRINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,2697
ポリマ－280,2697
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.006, 94.935, 209.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細An ~ 4 Angstrom structure of the 285 kDa major fragment of bovine fibrinogen. The alpha-carbon coordinates for both molecules per asymmetric unit are provided. The molecule is a dimer of a heterotrimer. Coordinates with chain ids ABC:DEF and NOP:QRS are the two crystallographically independent dimers. A,D,N, and Q correspond to the A-alpha chain. B,E,O, and R correspond to the B-beta chain. C,F,P, and S correspond to the gamma chain. These alpha-carbon coordinates include the end gamma and beta domains (i.e. the C-terminal globular domains of the gamma and B-beta chains, respectively) and the coiled coils (which are made of the A-alpha, B-beta, and gamma chains.). The density corresponding to the central disulfide knot region is too irregular to be traced at this resolution, and only some coordinates for part of this domain are included where density is seen (designated M and Z for the for the two molecules per a.u.).

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要素

#1: タンパク質
FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 42767.410 Da / 分子数: 4 / 断片: PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02672
#2: タンパク質
FIBRINOGEN (BETA CHAIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 46901.641 Da / 分子数: 4 / 断片: PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02676
#3: タンパク質
FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 46626.605 Da / 分子数: 4 / 断片: PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P12799
#4: タンパク質 FIBRINOGEN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7677.455 Da / 分子数: 2 / 断片: PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DISORDERED DISULFIDE KNOT REGION / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.2
詳細: 10 mM MES, 5mM sodium azide, 2mM calcium chloride , pH 6.2, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.6 mg/mlprotein11
210 mMMES11
35 mM11NaN3
42 mM11CaCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X12C11.15
シンクロトロンNSLS X12C21.15
シンクロトロンCHESS F130.908
検出器
タイプID検出器日付
BRANDEIS1CCD1996年10月21日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1996年4月30日
PRINCETON 2K3CCD1997年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.151
20.9081
反射解像度: 3.4→210 Å / Num. all: 79465 / Num. obs: 79465 / % possible obs: 78.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.42 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 7.05
反射 シェル解像度: 3.38→3.57 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Num. unique all: 6830 / % possible all: 46.7
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 46.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: molecular replacement (using human fragment d coordinates)
開始モデル: human fragment d coordinates (see related entry 1fza)

1fza


解像度: 3.5→10 Å / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: modified CHARMM in X-Plor
詳細: Side chains were included in refinement. At this resolution, however, the correct side chain conformations cannot be generally determined, and only alpha Carbons are deposited here. A B- ...詳細: Side chains were included in refinement. At this resolution, however, the correct side chain conformations cannot be generally determined, and only alpha Carbons are deposited here. A B-factor equal to 999 identifies a residue whose density is generally relatively disordered and thus is not included in refinement (but generally positioned using information from non- crystallographically-related copies). Note that of the asymmetric unit's four half-dimers, that designated by chain ids N, O, and P has the most residues included in the refinement, and its electron density is best ordered. The central disulphide knot region could not be traced, and only some coordinates for part of this domain are included (resname=UNK, chainid M and Z for the two molecules per a.u.). Due to anisotropy in the the diffraction, the data in the highest shells (esp. 4.0-3.5) are quite incomplete, and hence the structure is judged overall to at ~4.0 angstroms resolution.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37 3444 -random
Rwork0.257 ---
all0.263 69051 --
obs0.263 69051 86.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3900 0 0 0 3900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.83
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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