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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dea | ||||||
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タイトル | STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE | ||||||
![]() | INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE DEAMINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucosamine catabolic process / glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Oliva, G. / Fontes, M.R.M. / Garratt, R.C. / Altamirano, M.M. / Calcagno, M.L. / Horjales, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and catalytic mechanism of glucosamine 6-phosphate deaminase from Escherichia coli at 2.1 A resolution. 著者: Oliva, G. / Fontes, M.R. / Garratt, R.C. / Altamirano, M.M. / Calcagno, M.L. / Horjales, E. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of Glucosamine-6-Phosphate Deaminase from Escherichia Coli K12 著者: Horjales, E. / Altamirano, M.M. / Calcagno, M.L. / Dauter, Z. / Wilson, K. / Garratt, R.C. / Oliva, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 394.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29812.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 % |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.33 M / 一般名: sodium potassium phosphate |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 38368 / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→6 Å / Rfactor Rwork: 0.174 / Rfactor obs: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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