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万見
- PDB-1de9: HUMAN APE1 ENDONUCLEASE WITH BOUND ABASIC DNA AND MN2+ ION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1de9
タイトルHUMAN APE1 ENDONUCLEASE WITH BOUND ABASIC DNA AND MN2+ ION
要素
  • 5'-d(*CP*TP*AP*C)-3'
  • 5'-d(*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'
  • 5'-d(P*(3DR)P*GP*AP*TP*C)-3'
  • MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE
キーワードLYASE/DNA / ENZYME:DNA COMPLEX / DNA REPAIR ABASIC SITE / AP ENDONUCLEASE / LYASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 3'-5'-DNA exonuclease activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / phosphoric diester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA catabolic process / phosphodiesterase I activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / regulation of mRNA stability / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / telomere maintenance / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / base-excision repair / chromatin DNA binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / transcription corepressor activity / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / DNA recombination / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / nuclear speck / ribosome / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Mol, C.D. / Izumi, T. / Mitra, S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: DNA-bound structures and mutants reveal abasic DNA binding by APE1 and DNA repair coordination
著者: Mol, C.D. / Izumi, T. / Mitra, S. / Tainer, J.A.
履歴
登録1999年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: 5'-d(*CP*TP*AP*C)-3'
Y: 5'-d(P*(3DR)P*GP*AP*TP*C)-3'
Z: 5'-d(*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'
U: 5'-d(*CP*TP*AP*C)-3'
V: 5'-d(P*(3DR)P*GP*AP*TP*C)-3'
W: 5'-d(*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'
A: MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE
B: MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,14210
ポリマ－73,0328
非ポリマー1102
水00
1
X: 5'-d(*CP*TP*AP*C)-3'
Y: 5'-d(P*(3DR)P*GP*AP*TP*C)-3'
Z: 5'-d(*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'
A: MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5715
ポリマ－36,5164
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
U: 5'-d(*CP*TP*AP*C)-3'
V: 5'-d(P*(3DR)P*GP*AP*TP*C)-3'
W: 5'-d(*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'
B: MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5715
ポリマ－36,5164
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.06, 98.35, 101.05
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: DNA鎖 5'-d(*CP*TP*AP*C)-3'


分子量: 1150.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-d(P*(3DR)P*GP*AP*TP*C)-3'


分子量: 1370.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-d(*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'


分子量: 2795.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: タンパク質 MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE / E.C.4.2.99.18 / APE1


分子量: 31198.559 Da / 分子数: 2 / Fragment: APE1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27695, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPEG 2000, LITHIUM SULFATE, MANGANESE CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1LI2SO411
2MNCL211
3MPEG 200011
4MPEG 200012
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mM1dropMnCl2
220 %mPEG50001reservoir
350 mMMES1reservoir
4200 mM1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 17008 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.45 % / Biso Wilson estimate: 59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / % possible all: 92.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE EXACT CONFORMATION AND BASE-PAIRING OF THE DNA IS STRINGLY AN ARTIFACT OF THE CRYSTAL PACKING. THE DNA PHOSPHODIESTER BACKBONE CLOSELY RESEMBLES THAT OF THE UNCLEAVED COMPLEX, 1DE8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1376 10 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.1831 12390 --
all-13766 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 712 2 0 5088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.354
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.354
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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