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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1de5 | ||||||
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タイトル | L-RHAMNOSE ISOMERASE | ||||||
要素 | L-RHAMNOSE ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / (BETA8/ALPHA8) BARREL / TIM BARREL / HYDRIDE SHIFT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-rhamnose isomerase / rhamnose binding / L-rhamnose isomerase activity / L-lyxose metabolic process / rhamnose catabolic process / manganese ion binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Korndorfer, I.P. / Fessner, W.D. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The structure of rhamnose isomerase from Escherichia coli and its relation with xylose isomerase illustrates a change between inter and intra-subunit complementation during evolution. 著者: Korndorfer, I.P. / Fessner, W.D. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1de5.cif.gz | 357.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1de5.ent.gz | 287.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1de5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1de5_validation.pdf.gz | 494.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1de5_full_validation.pdf.gz | 597.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1de5_validation.xml.gz | 82.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1de5_validation.cif.gz | 115.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1de5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1de5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48170.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): PIK61 / 参照: UniProt: P32170, L-rhamnose isomerase #2: 糖 | ChemComp-RNT / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.2 M CITRATE, 0.1-M HEPES, 22.5 - 30.0 % PEG 8000, 10 % ISOPROPANOL, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 156599 / Num. obs: 85683 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 88 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→15 Å / 立体化学のターゲット値: TNT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.154 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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