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- PDB-1de4: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN HFE COMPLEXED WITH TRANSFERRIN RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1de4
タイトルHEMOCHROMATOSIS PROTEIN HFE COMPLEXED WITH TRANSFERRIN RECEPTOR
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
  • TRANSFERRIN RECEPTOR
キーワードMETAL TRANSPORT INHIBITOR/RECEPTOR / HFE / HEREDITARY HEMOCHROMATOSIS / MHC CLASS I / TRANSFERRIN RECEPTOR / METAL TRANSPORT INHIBITOR-RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / : / negative regulation of signaling receptor activity / response to iron ion starvation / transferrin receptor activity / negative regulation of T cell cytokine production / postsynaptic recycling endosome membrane / hormone biosynthetic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of mitochondrial fusion ...negative regulation of antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / : / negative regulation of signaling receptor activity / response to iron ion starvation / transferrin receptor activity / negative regulation of T cell cytokine production / postsynaptic recycling endosome membrane / hormone biosynthetic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / transferrin receptor binding / co-receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / regulation of protein localization to cell surface / basal part of cell / response to manganese ion / response to copper ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of peptide hormone secretion / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / beta-2-microglobulin binding / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / positive regulation of SMAD protein signal transduction / RHOG GTPase cycle / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / BMP signaling pathway / response to retinoic acid / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / transport across blood-brain barrier / clathrin-coated pit / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / Hsp70 protein binding / osteoclast differentiation / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to leukemia inhibitory factor / cellular response to iron ion / acute-phase response / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / recycling endosome / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / receptor internalization / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain ...Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Glucose Oxidase; domain 1 / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transferrin receptor protein 1 / Beta-2-microglobulin / Hereditary hemochromatosis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bennett, M.J. / Lebron, J.A. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the hereditary haemochromatosis protein HFE complexed with transferrin receptor.
著者: Bennett, M.J. / Lebron, J.A. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録1999年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: TRANSFERRIN RECEPTOR
D: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: TRANSFERRIN RECEPTOR
G: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
H: BETA-2-MICROGLOBULIN
I: TRANSFERRIN RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,56116
ポリマ－347,6859
非ポリマー8767
水1629
1
A: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: TRANSFERRIN RECEPTOR
D: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: TRANSFERRIN RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,31210
ポリマ－231,7906
非ポリマー5234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area79400 Å2
手法PISA
2
G: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
H: BETA-2-MICROGLOBULIN
I: TRANSFERRIN RECEPTOR
ヘテロ分子

G: HEMOCHROMATOSIS PROTEIN
H: BETA-2-MICROGLOBULIN
I: TRANSFERRIN RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,49612
ポリマ－231,7906
非ポリマー7076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)110.4, 144.4, 327.1
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 93.6, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 9分子 ADGBEHCFI

#1: タンパク質 HEMOCHROMATOSIS PROTEIN / HFE


分子量: 32339.434 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PBJ5-GS / Cell (発現宿主): OVARY CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q30201
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): OVARY CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 TRANSFERRIN RECEPTOR


分子量: 71807.258 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PACGP67A / Cell (発現宿主): HIGH 5 INSECT CELLS / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P02786

-
糖 , 1種, 3分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, TRIS, TRIMETHYLAMINE HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-8 %PEG80001reservoir
2200 mMTris-HCl1reservoir
310 mMtrimethylamine HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 122846 / Num. obs: 122846 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 685830.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: SEVERAL SIDECHAINS ARE MODELED AS ALA AS IN UNCOMPLEXED HFE. A POSITIVE DIFFERENCE PEAK NEAR TFR CHAINS C,F,I WHICH LACKED PROTEIN LIGANDS WAS MODELED AS A WATER MOLECULE (WATERS 4,6,8). A ...詳細: SEVERAL SIDECHAINS ARE MODELED AS ALA AS IN UNCOMPLEXED HFE. A POSITIVE DIFFERENCE PEAK NEAR TFR CHAINS C,F,I WHICH LACKED PROTEIN LIGANDS WAS MODELED AS A WATER MOLECULE (WATERS 4,6,8). A POSITIVE DIFFERENCE PEAK NEAR THE HFE CHAIN G PLATFORM WAS MODELED AS A GLYCEROL. SEVERAL LOOPS HAVE RESIDUES WITH LOW CORRELATIONS AGAINST THE FINAL MAP: HFE PLATFORM LOOPS FROM STRAND 1 (S1) TO STRAND 2 (S2), S4-ALPHA1 HELIX; HFE ALPHA3 DOMAIN LOOPS S1-S2, S3-S4,S6-S7; BETA-2-MICROGLOBULIN LOOPS S1-S2, S3-S4, S5-S6, C-TERMINUS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 11868 10 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 118743 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.72 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å20 Å2-1.65 Å2
2--1.82 Å20 Å2
3---2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24255 0 51 9 24315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.262.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 1876 10.2 %
Rwork0.354 16473 -
obs--87.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CRY.PARAMCRY.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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