[日本語] English
万見
- PDB-1ddx: CRYSTAL STRUCTURE OF A MIXTURE OF ARACHIDONIC ACID AND PROSTAGLAN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ddx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MIXTURE OF ARACHIDONIC ACID AND PROSTAGLANDIN BOUND TO THE CYCLOOXYGENASE ACTIVE SITE OF COX-2: PROSTAGLANDIN STRUCTURE
要素PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
キーワードOXIDOREDUCTASE / COX-2 / CYCLOOXYGENASE / PROSTAGLANDIN / ARACHIDONATE / ENDOPEROXIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / response to selenium ion / positive regulation of fever generation / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / nuclear outer membrane / decidualization / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PGX / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Pawlitz, J.L. / Moreland, K.T. / Stegeman, R.A. / Gierse, J.K. / Stevens, A.M. / Goodwin, D.C. / Rowlinson, S.W. / Marnett, L.J. / Stallings, W.C. / Kurumbail, R.G.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structural insights into the stereochemistry of the cyclooxygenase reaction.
著者: Kiefer, J.R. / Pawlitz, J.L. / Moreland, K.T. / Stegeman, R.A. / Hood, W.F. / Gierse, J.K. / Stevens, A.M. / Goodwin, D.C. / Rowlinson, S.W. / Marnett, L.J. / Stallings, W.C. / Kurumbail, R.G.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structural Basis for Selective Inhibition of Cyclooxygenase-2 by Anti- Inflammatory Agents
著者: Kurumbail, R.G. / Stevens, A.M. / Gierse, J.K. / McDonald, J.J. / Stegeman, R.A. / Pak, J.Y. / Gildehaus, D. / Miyashiro, J.M. / Penning, T.D. / Seibert, K. / Isakson, P.C. / Stallings, W.C.
履歴
登録1999年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
B: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
C: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
D: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,10024
ポリマ－253,9904
非ポリマー6,11120
水3,117173
1
A: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
B: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,05012
ポリマ－126,9952
非ポリマー3,05510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area43280 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
D: PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,05012
ポリマ－126,9952
非ポリマー3,05510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9710 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area43300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.240, 134.800, 122.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-2) / COX-2


分子量: 63497.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 16分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 2種, 177分子

#5: 化合物
ChemComp-PGX / 7-[6-(3-HYDROPEROXY-OCT-1-ENYL)-2,3-DIOXA-BICYCLO[2.2.1]HEPT-5-YL]-HEPT-5-ENOIC ACID / PROSTAGLANDIN G2 / プロスタグランジンG2


分子量: 368.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: MONOMETHYL PEG 550, MAGNESIUM SULFATE, ARACHIDNOIC ACID, EPPS, B-OG, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 詳細: Stevens, A.M., (1999) J. Cryst. Growth., 196, 350. / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium phosphate1drop
30.005 %1dropNaN3
450 mM1dropNaCl
50.9 %beta-OG1drop
68.1-14.4 %MMP5501drop
72.25-126 mM1dropMgCl2
822.5 mMEPPS1drop
918-32 %MMP5501reservoir
105-280 mM1reservoirMgCl2
1150 mMEPPS1reservoirpH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.514
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月7日 / 詳細: DOUBLE-MIRROR OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 45048 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 3
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 40 Å / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 4324 9.4 %RANDOM
Rwork0.267 ---
obs0.267 45794 76.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.42 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17900 0 404 173 18477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.621.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.122
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.672
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.392.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 537 9.5 %
Rwork0.356 5106 -
obs--57.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X_MOD.HEMETOPH19X_MOD.HEME
X-RAY DIFFRACTION4PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION5B-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE.PARB-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE.TOP
X-RAY DIFFRACTION6GH2.PARGH2.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.4 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.447 / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor Rwork: 0.356

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る