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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dds | ||||||
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タイトル | MOLECULE: DIHYDROFOLATE REDUCTASE (E.C.1.5.1.3) COMPLEXED WITH METHOTREXATE | ||||||
![]() | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXIDO-REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yennawar, H.P. / Farber, G.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The effect of denaturants on protein structure. 著者: Dunbar, J. / Yennawar, H.P. / Banerjee, S. / Luo, J. / Farber, G.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLY A 95 - GLY A 96 OMEGA = 359.57 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: GLY B 95 - GLY B 96 OMEGA = 1.14 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18019.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-6R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 22503 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 | *PLUS Num. all: 22503 / Num. obs: 11006 / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.172 / Rfactor Rfree: 0.171 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |