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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dco | ||||||
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タイトル | DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR | ||||||
![]() | DCOH | ||||||
![]() | TRANSCRIPTIONAL STIMULATOR / DIMERIZATION COFACTOR / DEHYDRATASE / 4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE / TRANSREGULATOR OF HOMEODOMAIN PROTEINS | ||||||
機能・相同性 | ![]() Phenylalanine metabolism / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase activity / regulation of protein binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding ...Phenylalanine metabolism / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase activity / regulation of protein binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Cronk, J.D. / Endrizzi, J.A. / Alber, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution structures of the bifunctional enzyme and transcriptional coactivator DCoH and its complex with a product analogue. 著者: Cronk, J.D. / Endrizzi, J.A. / Alber, T. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of DCoH, a Bifunctional, Protein-Binding Transcriptional Coactivator 著者: Endrizzi, J.A. / Cronk, J.D. / Wang, W. / Crabtree, G.R. / Alber, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12017.603 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P61459, 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: ROOM TEMPERATURE, 1.7M AMSO4, 0.1M HEPES, PH 7.4 / Temp details: room temp |
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 44232 / % possible obs: 75.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 | *PLUS Num. obs: 43794 / % possible obs: 75 % / Num. measured all: 310522 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.45 Å / % possible obs: 33 % / Mean I/σ(I) obs: 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT RESTRAINTS 詳細: CORRELATED B-VALUE REFINEMENT WAS CARRIED OUT WITH TNT. MEAN B VALUE 14.7 ANGSTROMS**2 FINAL RMS COORD. SHIFT 0.01 ANGSTROMS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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