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万見
- PDB-1dce: CRYSTAL STRUCTURE OF RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE FROM RAT BRAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dce
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE FROM RAT BRAIN
要素
  • PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT)
  • PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT)
キーワードTRANSFERASE / RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE / 2.0 A RESOLUTION / N-FORMYLMETHIONINE / ALPHA SUBUNIT / BETA SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / isoprenoid binding / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / small GTPase binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain superfamily / Rab geranylgeranyl transferase alpha-subunit, insert domain / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. ...Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain superfamily / Rab geranylgeranyl transferase alpha-subunit, insert domain / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, H. / Seabra, M.C. / Deisenhofer, H.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Rab geranylgeranyltransferase at 2.0 A resolution.
著者: Zhang, H. / Seabra, M.C. / Deisenhofer, J.
履歴
登録1999年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT)
B: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT)
C: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT)
D: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,9336
ポリマ－203,8034
非ポリマー1312
水14,934829
1
A: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT)
B: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9673
ポリマ－101,9012
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area37500 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT)
D: PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9673
ポリマ－101,9012
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area37560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.864, 77.439, 121.775
Angle α, β, γ (deg.)74.60, 79.91, 67.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT)


分子量: 65009.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
参照: UniProt: Q08602, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: タンパク質 PROTEIN (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT)


分子量: 36892.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
参照: UniProt: Q08603, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 42 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoir
30.25 Mmagnesium acetate1reservoir
410 mMsodium phosphate1reservoir
56 %ethylene glycol1reservoir
617-21 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID
回転陽極RIGAKU RU3001
シンクロトロンAPS 19-ID2
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS II1IMAGE PLATE
CUSTOM-MADE2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 446152 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.683 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 86.1
反射
*PLUS
Num. obs: 118808 / Num. measured all: 446152
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.25608 / ESU R Free: 0.21363
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2634 5991 5 %RANDOM
Rwork0.2147 ---
all-127139 --
obs-118808 93.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14266 0 2 829 15097
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 53 % / Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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