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- PDB-1dc2: SOLUTION NMR STRUCTURE OF TUMOR SUPPRESSOR P16INK4A, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dc2
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF TUMOR SUPPRESSOR P16INK4A, 20 STRUCTURES
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITOR A (P16INK4A)
キーワードGENE REGULATION / ANKYRIN REPEAT / HELIX-TURN-HELIX / HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of macrophage apoptotic process / senescence-associated heterochromatin focus / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of nucleocytoplasmic transport / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...positive regulation of macrophage apoptotic process / senescence-associated heterochromatin focus / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of nucleocytoplasmic transport / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / oncogene-induced cell senescence / mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / keratinocyte proliferation / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / NF-kappaB binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / keratinocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of cell growth / Cyclin D associated events in G1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / glucose homeostasis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Ras protein signal transduction / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Byeon, I.-J.L. / Li, J. / Yuan, C. / Tsai, M.-D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Tumor suppressor INK4: refinement of p16INK4A structure and determination of p15INK4B structure by comparative modeling and NMR data.
著者: Yuan, C. / Selby, T.L. / Li, J. / Byeon, I.J. / Tsai, M.D.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998
タイトル: Tumor Suppressor p16INK4A: Determination of Solution Structure and Analyses of Its Interaction with Cyclin-Dependent Kinase 4
著者: Byeon, I.-J. / Li, J. / Ericson, K. / Selby, T.L. / Tevelev, A. / Kim, H.J. / O'Maille, P. / Tsai, M.-D.
履歴
登録1999年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITOR A (P16INK4A)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5551
ポリマ－16,5551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60THE CLOSEST TO MEAN STRUCTURE WHICH SHOWS GOOD AGREEMENT WITH THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS
代表モデルモデル #20minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITOR A (P16INK4A)


分子量: 16554.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PTG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42771

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPARATED NOESY
1214D 13C-SEPARATED NOESY
1314D 13C/15N-SEPARATED NOESY
1423D 15N-SEPARATED NOESY
152HNHA
1632D NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.2-0.4 MM P16INK4A U-15N,13C; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA; 95% H2O, 5% D2O
20.2-0.4 MM P16INK4A U-15N; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA; 95% H2O, 5% D2O
30.2-0.4 MM P16INK4A; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA; 95% H2O, 5% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.85BRUNGER構造決定
XwinNMR2.1BRUKERcollection
Felix95MOLECULAR SIMULATIONS INC.解析
XwinNMR2.1BRUKER解析
X-PLOR3.85BRUNGER精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1439 RESTRAINTS, 1372 DISTANCE RESTRAINTS, 67 TORSION ANGLE RESTRAINTS.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THE CLOSEST TO MEAN STRUCTURE WHICH SHOWS GOOD AGREEMENT WITH THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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