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- PDB-1dbx: Crystal structure of cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase from H. influe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dbx
タイトルCrystal structure of cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase from H. influenzae (HI1434)
要素cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / YBAK / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類 / Ala-tRNA(Pro) deacylase activity / lyase activity / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prolyl-tRNA editing protein, YbaK/EbsC / YbaK protein / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cys-tRNA(Pro)/Cys-tRNA(Cys) deacylase YbaK
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, H. / Huang, K. / Li, Z. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of YbaK protein from Haemophilus influenzae (HI1434) at 1.8 A resolution: functional implications.
著者: Zhang, H. / Huang, K. / Li, Z. / Banerjei, L. / Fisher, K.E. / Grishin, N.V. / Eisenstein, E. / Herzberg, O.
履歴
登録1999年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase
B: cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5472
ポリマ－34,5472
非ポリマー00
水6,738374
1
A: cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2741
ポリマ－17,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2741
ポリマ－17,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.560, 42.210, 54.160
Angle α, β, γ (deg.)109.07, 100.32, 90.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 cysteinyl-tRNA(Pro) deacylase / HI1434


分子量: 17273.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
解説: IMPACT I SYSTEM FROM NEW ENGLAND BIOLABS / 遺伝子: YbaK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P45202
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 28 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
30.1 mMEDTA1drop
45 mMdithiothreitol1drop
5100 mMTris-HCl1reservoir
625-35 %mPEG50001reservoir
73 %propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 49134 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.129 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 96443
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: YBAK structure in C2 space group, 1dbu

1dbu


解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: free-R / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.172
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2446 10 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-24752 97.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2304 0 0 374 2678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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