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- PDB-1dao: COVALENT ADDUCT OF D-AMINO ACID OXIDASE FROM PIG KIDNEY WITH 3-ME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dao
タイトルCOVALENT ADDUCT OF D-AMINO ACID OXIDASE FROM PIG KIDNEY WITH 3-METHYL-2-OXO-VALERIC ACID
要素D-AMINO ACID OXIDASE
キーワードFLAVOENZYME / FAD COFACTOR / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Peroxisomal protein import / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process / presynaptic active zone ...Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Peroxisomal protein import / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process / presynaptic active zone / dopamine biosynthetic process / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / cell projection / peroxisome / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino acid oxidases signature. / D-amino-acid oxidase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino acid oxidases signature. / D-amino-acid oxidase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE-N5-ISOBUTYL KETONE / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DENSITY AVERAGING / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Todone, F. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Active site plasticity in D-amino acid oxidase: a crystallographic analysis.
著者: Todone, F. / Vanoni, M.A. / Mozzarelli, A. / Bolognesi, M. / Coda, A. / Curti, B. / Mattevi, A.
履歴
登録1997年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-AMINO ACID OXIDASE
B: D-AMINO ACID OXIDASE
C: D-AMINO ACID OXIDASE
D: D-AMINO ACID OXIDASE
E: D-AMINO ACID OXIDASE
F: D-AMINO ACID OXIDASE
G: D-AMINO ACID OXIDASE
H: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,86816
ポリマ－315,0228
非ポリマー6,8458
水1448
1
A: D-AMINO ACID OXIDASE
E: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4674
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,7112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
2
B: D-AMINO ACID OXIDASE
F: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4674
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,7112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26330 Å2
手法PISA
3
C: D-AMINO ACID OXIDASE
G: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4674
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,7112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
4
D: D-AMINO ACID OXIDASE
H: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4674
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,7112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26290 Å2
手法PISA
5
C: D-AMINO ACID OXIDASE
D: D-AMINO ACID OXIDASE
G: D-AMINO ACID OXIDASE
H: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,9348
ポリマ－157,5114
非ポリマー3,4234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15120 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area49960 Å2
手法PISA
6
A: D-AMINO ACID OXIDASE
B: D-AMINO ACID OXIDASE
E: D-AMINO ACID OXIDASE
F: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,9348
ポリマ－157,5114
非ポリマー3,4234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15170 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area50050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)326.400, 136.900, 196.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.570354, 0.003517, -0.821391), (0.014255, -0.999798, -0.014179), (-0.821275, -0.019797, 0.570189)168.05963, 52.36601, 88.35892
2given(-0.512203, -0.770115, 0.380225), (0.71598, -0.627382, -0.30621), (0.474363, 0.115392, 0.872734)184.94926, 25.59378, -63.19735
3given(-0.029573, 0.755763, 0.654177), (-0.145143, 0.64428, -0.750891), (-0.988969, -0.117155, 0.090641)92.51457, 83.21375, 101.60513
4given(0.492259, 0.293836, 0.819355), (0.285852, -0.943666, 0.16668), (0.822174, 0.152165, -0.548522)-10.75768, 19.98264, 12.50754
5given(-0.951879, -0.305549, -0.023776), (-0.298626, 0.942156, -0.152198), (0.068905, -0.137774, -0.988064)164.37463, 32.72658, 103.59933
6given(-0.130023, 0.640602, -0.756785), (-0.076196, 0.754551, 0.651802), (0.988579, 0.142413, -0.049298)177.94754, -0.12264, -55.1994
7given(0.718373, -0.618731, -0.317981), (-0.499181, -0.776839, 0.383848), (-0.484519, -0.117016, -0.866919)120.8435, 89.04542, 112.54649

-
要素

#1: タンパク質
D-AMINO ACID OXIDASE / DAAO


分子量: 39377.812 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: KIDNEY / Organelle: PEROXISOME / 参照: UniProt: P00371, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAB / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE-N5-ISOBUTYL KETONE


分子量: 855.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N9O16P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 8.3
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.5 M AMMONIUM SUCCINATE, 100 MM TRIS PH 8.3, 2 MM BENZOATE THEN SOAKED IN 20 MM 3-METHYL-2-OXO-BUTYRIC ACID
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.6 M / 一般名: ammonium succinate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 72287 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 433795
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: DENSITY AVERAGING
開始モデル: PDB ENTRY 1KIF

1kif


解像度: 3.2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
詳細: THE 8 SUBUNITS WERE KEPT IDENTICAL EXCEPT FOR RESIDUES 56 - 65, 125 - 130, 157 - 180, 254, 265, 270, 288, THAT WERE RESTRAINED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1000 -
Rwork0.232 --
all0.232 72287 -
obs0.232 72287 99 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21760 0 464 8 22232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_it7.103
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.12
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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