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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dag | ||||||
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タイトル | DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID AND 5'-ADENOSYL-METHYLENE-TRIPHOSPHATE | ||||||
![]() | DETHIOBIOTIN SYNTHETASE | ||||||
![]() | LIGASE / BIOTIN BIOSYNTHESIS / MAGNESIUM / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Huang, W. / Jia, J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of an ATP-dependent carboxylase, dethiobiotin synthetase, based on crystallographic studies of complexes with substrates and a reaction intermediate. 著者: Huang, W. / Jia, J. / Gibson, K.J. / Taylor, W.S. / Rendina, A.R. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of an ATP-Dependent Carboxylase, Dethiobiotin Synthetase, at 1.65 A Resolution 著者: Huang, W. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Gibson, K.J. / Flint, D. / Lorimer, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24028.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DSD / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % | |||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: cocrystallization | |||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 22267 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.64 Å / Num. measured all: 61271 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.64→6 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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