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- PDB-1d9s: TUMOR SUPPRESSOR P15(INK4B) STRUCTURE BY COMPARATIVE MODELING AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d9s
タイトルTUMOR SUPPRESSOR P15(INK4B) STRUCTURE BY COMPARATIVE MODELING AND NMR DATA
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITOR B
キーワードSIGNALING PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX / ANKYRIN REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of epithelial cell differentiation / Cyclin D associated events in G1 / megakaryocyte differentiation / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of G0 to G1 transition / cellular response to nutrient ...Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of epithelial cell differentiation / Cyclin D associated events in G1 / megakaryocyte differentiation / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of G0 to G1 transition / cellular response to nutrient / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spleen development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / liver development / response to cytokine / response to organic cyclic compound / negative regulation of epithelial cell proliferation / cellular senescence / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / COMPARATIVE MODELING, RESTRAINT ENERGY MINIMIZATION
Model type detailsminimized average
データ登録者Yuan, C. / Ji, L. / Selby, T.L. / Byeon, I.J.L. / Tsai, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 1999
タイトル: Tumor suppressor INK4: comparisons of conformational properties between p16(INK4A) and p18(INK4C).
著者: Yuan, C. / Li, J. / Selby, T.L. / Byeon, I.J. / Tsai, M.D.
履歴
登録1999年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITOR B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3551
ポリマ-14,3551
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 19STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #10minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITOR B


分子量: 14355.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55271

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
122HNCA
132CBCA(CO)NH
1433D 13C-SEPARATED NOESY
1533D 13C-SEPARATED TOCSY
NMR実験の詳細Text: TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY WAS USED TO DETERMINE THE P15 STRUCTURE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 MM P15, U-15N; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA95% H2O/5% D2O
20.2 MM P15, U-15N,13C; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA95% H2O/5% D2O
30.2 MM P15, U-15N,13C; 4 MM HEPES, 1 MM DTT, 5 UM EDTA100% D2O
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.5 / : AMBIENT / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1BRUKERcollection
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
MODELLER-44SALI構造決定
精密化手法: COMPARATIVE MODELING, RESTRAINT ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
詳細: DUE TO THE STRUCTURAL FLEXIBILITY AND INSTABILITY OF P15, ONLY A LIMITED NUMBER OF NMR CONSTRAINTS WERE COLLECTED. BECAUSE P15 SHARES MORE THAN 85% SEQUENCE HOMOLOGY WITH P16, 19 P15 ...詳細: DUE TO THE STRUCTURAL FLEXIBILITY AND INSTABILITY OF P15, ONLY A LIMITED NUMBER OF NMR CONSTRAINTS WERE COLLECTED. BECAUSE P15 SHARES MORE THAN 85% SEQUENCE HOMOLOGY WITH P16, 19 P15 STRUCTURES WERE GENERATED BY USING COMPARATIVE MODELING (MODELLER-4) WITH AN ENSEMBLE OF P16(INK4A) NMR STRUCTURES AS TEMPLATES. THE MODELING STRUCTURES WERE THEN SUBJECTED TO 1400 STEPS OF RESTRAINT ENERGY MINIMIZATION (X-PLOR) WITH THE NMR DATA (672 DISTANCE CONSTRAINTS). THE STRUCTURES THAT SATISFY THE NMR CONSTRAINTS WERE PICKED TO REPRESENT P15(INK4B).
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 19 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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