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- PDB-1d9q: OXIDIZED PEA FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE FORM 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d9q
タイトルOXIDIZED PEA FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE FORM 1
要素FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / CHLOROPLAST / PHOTOSYNTHESIS / REDOX REGULATION / THIOREDOXIN / ALLOSTERY / DISULFIDE BRIDGE / CALVIN CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / reductive pentose-phosphate cycle / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / chloroplast stroma / gluconeogenesis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-1,6-bisphosphatase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chiadmi, M. / Navaza, A. / Miginiac-Maslow, M. / Jacquot, J.-P. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Redox signalling in the chloroplast: structure of oxidized pea fructose-1,6-bisphosphate phosphatase.
著者: Chiadmi, M. / Navaza, A. / Miginiac-Maslow, M. / Jacquot, J.P. / Cherfils, J.
履歴
登録1999年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE
B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE
C: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE
D: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,9684
ポリマ－156,9684
非ポリマー00
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12910 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area45540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.940, 113.990, 94.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE / FBPASE / D-FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE 1-PHOSPHOHYDROLASE


分子量: 39242.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / Organelle: CHLOROPLAST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46275, fructose-bisphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% PEG 400, 50MM NA ACETATE (PH 5.5), 50MM MGCL2, 5MM F6P, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 %PEG4001reservoir
250 mMsodium acetate1reservoir
350 mM1reservoirMgCl2
45 mMF6P1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.965
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→10 Å / Num. all: 53059 / Num. obs: 52402 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.42 Å / Num. unique all: 1228 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Num. measured all: 242800
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SPI

1spi


解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数
Rfree0.236 5273
Rwork0.186 -
all-52402
obs-52266
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9850 0 0 334 10184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.36
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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