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- PDB-1d9p: SOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2(1-12) HYBRID PEP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d9p
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2(1-12) HYBRID PEPTIDE ANALOGUE(P4)
要素CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE ANALOGUE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HELIX-HINGE-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


antimicrobial peptide biosynthetic process / extraorganismal space / regulation of defense response to virus / defense response to fungus / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cecropin family signature. / Cecropin / Cecropin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Cecropin-A / Magainins
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Hyalophora cecropia (蝶・蛾)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
データ登録者Oh, D. / Kim, Y.
引用ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 1999
タイトル: NMR structural characterization of cecropin A(1-8) - magainin 2(1-12) and cecropin A (1-8) - melittin (1-12) hybrid peptides.
著者: Oh, D. / Shin, S.Y. / Kang, J.H. / Hahm, K.S. / Kim, K.L. / Kim, Y.
履歴
登録1999年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE ANALOGUE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3381
ポリマ－2,3381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE ANALOGUE


分子量: 2337.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xenopus laevis, Hyalophora cecropia / 属: Xenopus, Hyalophora / 生物種: , / 株: , / 細胞内の位置: MEMBRANE / 参照: UniProt: P01507, UniProt: P11006
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2212D NOESY
131DQF-COSY
1422D NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
12MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O
22MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
13.641 atm298 K
23.641 atm313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR2.5collection
Felix95解析
Felix95データ解析
X-PLOR3.851精密化
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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