+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d93 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURAL VARIATION IN D(CTCTAGAG). IMPLICATIONS FOR PROTEIN-DNA INTERACTIONS | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Hunter, W.N. / Langlois D'Estaintot, B. / Kennard, O. | ![]() ![]() タイトル: Structural variation in d(CTCTAGAG). Implications for protein-DNA interactions. 著者: Hunter, W.N. / D'Estaintot, B.L. / Kennard, O. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 13.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 7.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 314 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 323.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
検出器 | タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
---|---|
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.15 Å / Num. all: 2320 / Num. obs: 1378 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.15→8 Å / σ(I): 1 /
| ||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 931 / σ(I): 1 / Rfactor obs: 0.147 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |