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- PDB-1d8s: ESCHERICHIA COLI F1 ATPASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8s
タイトルESCHERICHIA COLI F1 ATPASE
要素
  • F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
  • F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)
  • F1 ATPASE (GAMMA SUBUNIT)
キーワードHYDROLASE
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Hausrath, A.C. / Gruber, G. / Matthews, B.W. / Capaldi, R.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structural features of the gamma subunit of the Escherichia coli F(1) ATPase revealed by a 4.4-A resolution map obtained by x-ray crystallography.
著者: Hausrath, A.C. / Gruber, G. / Matthews, B.W. / Capaldi, R.A.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: An Improved Purification of ECF1 and ECF1F0 by Using a Cytochrome bo-Deficient Strain of Escherichia coli Facilitates Crystallization of These Complexes
著者: Gruber, G. / Hausrath, A.C. / Sagermann, M. / Capaldi, R.A.
履歴
登録1999年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月22日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: diffrn / pdbx_database_status / software
Item: _diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp ..._diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
B: F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
C: F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
D: F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)
E: F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)
F: F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)
G: F1 ATPASE (GAMMA SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,1857
ポリマ－263,1857
非ポリマー00
水00
1
A: F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
D: F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)
G: F1 ATPASE (GAMMA SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8823
ポリマ－99,8823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
E: F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6522
ポリマ－81,6522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
F: F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6522
ポリマ－81,6522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.680, 197.520, 237.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)


分子量: 41889.645 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pAN45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GO104 / 参照: EC: 3.6.1.34
#2: タンパク質 F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)


分子量: 39762.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pAN45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GO104 / 参照: EC: 3.6.1.34
#3: タンパク質 F1 ATPASE (GAMMA SUBUNIT)


分子量: 18230.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pAN45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GO104 / 参照: EC: 3.6.1.34
配列の詳細THIS MODEL WAS CONSTRUCTED FROM A LOW-RESOLUTION MAP. ONLY BACKBONE ATOMS HAVE BEEN MODELLED. IT IS ...THIS MODEL WAS CONSTRUCTED FROM A LOW-RESOLUTION MAP. ONLY BACKBONE ATOMS HAVE BEEN MODELLED. IT IS NOT POSSIBLE TO UNAMBIGUOUSLY DETERMINE THE SEQUENCE REGISTER. EVERY AMINO ACID IS LABELLED UNK. THE RESIDUE NUMBERING IS AMBIGOUS FOR ALL CHAINS. THE SEQUENCE OF THE ALPHA SUBUNIT (CHAINS A,B,C) IS: (SWS|P00822|ATPA_ECOLI) MQLNSTEISELIKQRIAQFNVVSEAHNEGTIVSVSDGVIRIHGLADCMQGEMI SLPGNRYAIALNLERDSVGAVVMGPYADLAEGMKVKCTGRILEVPVGRGLLGR VVNTLGAPIDGKGPLDHDGFSAVEAIAPGVIERQSVDQPVQTGYKAVDSMIPI GRGQRELIIGDRQTGKTALAIDAIINQRDSGIKCIYVAIGQKASTISNVVRKLE EHGALANTIVVVATASESAALQYLAPYAGCAMGEYFRDRGEDALIIYDDLSKQA VAYRQISLLLRRPPGREAFPGDVFYLHSRLLERAARVNAEYVEAFTKGEVKGKT GSLTALPIIETQAGDVSAFVPTNVISITDGQIFLETNLFNAGIRPAVNPGISVS RVGGAAQTKIMKKLSGGIRTALAQYRELAAFSQFASDLDDATRKQLDHGQKVTE LLKQKQYAPMSVAQQSLVLFAAERGYLADVELSKIGSFEAALLAYVDRDHAPLM QEINQTGGYNDEIEGKLKGILDSFKATQSW THE SEQUENCE OF THE BETA SUBUNIT (CHAINS D,E,F) IS: (SWS|P00824|ATPB_ECOLI) MATGKIVQVIGAVVDVEFPQDAVPRVYDALEVQNGNERLVLEVQQQLGGGIVRT IAMGSSDGLRRGLDVKDLEHPIEVPVGKATLGRIMNVLGEPVDMKGEIGEEERW AIHRAAPSYEELSNSQELLETGIKVIDLMCPFAKGGKVGLFGGAGVGKTVNMME LIRNIAIEHSGYSVFAGVGERTREGNDFYHEMTDSNVIDKVSLVYGQMNEPPGN RLRVALTGLTMAEKFRDEGRDVLLFVDNIYRYTLAGTEVSALLGRMPSAVGYQP TLAEEMGVLQERITSTKTGSITSVQAVYVPADDLTDPSPATTFAHLDATVVLSR QIASLGIYPAVDPLDSTSRQLDPLVVGQEHYDTARGVQSILQRYQELKDIIAIL GMDELSEEDKLVVARARKIQRFLSQPFFVAEVFTGSPGKYVSLKDTIRGFKGIM EGEYDHLPEQAFYMVGSIEEAVEKAKKL THE SEQUENCE OF THE GAMMA SUBUNIT (CHAIN G) IS: (SWS|P00837|ATPG_ECOLI) MAGAKEIRSKIASVQNTQKITKAMEMVAASKMRKSQDRMAASRPYAETMRKVIG HLAHGNLEYKHPYLEDRDVKRVGYLVVSTDRGLCGGLNINLFKKLLAEMKTWTD KGVQCDLAMIGSKGVSFFNSVGGNVVAQVTGMGDNPSLSELIGPVKVMLQAYDE GRLDKLYIVSNKFINTMSQVPTISQLLPLPASDDDDLKHKSWDYLYEPDPKALL DTLLRRYVESQVYQGVVENLASEQAARMVAMKAATDNGGSLIKELQLVYNKARQ ASITQELTEIVSGAAAV

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Tris, PEG 8000, glycerol, NaCl, MgSO4, LiSO4, NaN3, EDTA, AMP-PNP, ATP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
2110 mMTris-HCl1drop
310 %glycerol1drop
4100 mM1dropNaCl
510 mM1dropMgSO4
640 mM1dropLi2SO4
70.05 %1dropNaN3
80.1 MEDTA1drop
95 mMadenylylimidodiphosphate1drop
100.1 MATP1drop
118.0 %PEG80001drop
1235 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→25 Å / Num. all: 89801 / Num. obs: 17553 / % possible obs: 64.5 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 4.4→4.44 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Num. unique all: 0 / % possible all: 53.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 89801
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 4.4→25 Å / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO 1.0
詳細: Only rigid body refinement was carried out. The model consists of backbone atoms only.
Rfactor反射数%反射
all0.404 27196 -
obs-17529 64 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12283 0 0 0 12283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.107
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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