+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d8h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH SULFATE AND MANGANESE IONS. | ||||||
要素 | mRNA TRIPHOSPHATASE CET1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RNA TRIPHOSPHATASE / BETA SUBUNIT / POLYNUCLEOTIDE 5'-TRIPHOSPHATASE / mRNA PROCESSING / mRNA CAPPING / NUCLEAR PROTEIN BETA BARREL / CATALYTIC DOMAIN / DIMER / MANGANESE-SULFATE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA capping enzyme complex / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / 7-methylguanosine mRNA capping / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of protein localization to nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lima, C.D. / Wang, L.K. / Shuman, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: Structure and mechanism of yeast RNA triphosphatase: an essential component of the mRNA capping apparatus. 著者: Lima, C.D. / Wang, L.K. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d8h.cif.gz | 212.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1d8h.ent.gz | 161.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d8h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d8h_validation.pdf.gz | 411.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1d8h_full_validation.pdf.gz | 536.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d8h_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d8h_validation.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35691.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Plasmid details: T7 PROMOTER / プラスミド: PET16B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O13297, polynucleotide 5'-phosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | RNA triphosphatase is an essential mRNA processing enzyme that catalyzes the first step in 5' cap ...RNA triphosphatase is an essential mRNA processing enzyme that catalyzes the first step in 5' cap formation. The 2.05 A crystal structure of yeast RNA triphosphatase Cet1p reveals a novel active site fold whereby an 8-strand beta barrel forms a topologically closed triphosphatase tunnel. Interactions of a sulfate bound in the center of the tunnel with a divalent cation and basic amino acids projecting into the tunnel suggest a catalytic mechanism that is supported by mutational data. Discrete surface domains are responsible for Cet1p homodimerization and Cet1p-binding to the guanylyltransferase component of the yeast capping apparatus. The structure and mechanism of the fungal RNA triphosphatases are completely different from those of the mammalian mRNA capping enzymes. | 配列の詳細 | THE EXPRESSION CONSTRUCTS USED TO PRODUCE THE RECOMBINANT PROTEIN INCLUDED AN N-TERMINAL HIS TAG ...THE EXPRESSION | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.34 詳細: 0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, 200MM MNCL2 IN STABILIZATION CONDITION FOR MANGANESE COMPLEX, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.2141 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2141 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 72277 / Num. obs: 63710 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 22.199 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / % possible all: 72.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.2 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: RESTRAINED MAXIMUM LIKELIHOOD FOR FS CONJUGATE DIRECTION EXPERIMENTAL SIGMAS USED FOR WEIGHTING
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|