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- PDB-1d8a: E. COLI ENOYL REDUCTASE/NAD+/TRICLOSAN COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8a
タイトルE. COLI ENOYL REDUCTASE/NAD+/TRICLOSAN COMPLEX
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / E. COLI ENOYL REDUCTASE / TRICLOSAN
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRICLOSAN / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Levy, C.W. / Roujeinikova, A. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rice, D.W. / Rafferty, J.B.
引用
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic Analysis of Triclosan Bound to Enoyl Reductase
著者: Roujeinikova, A. / Levy, C.W. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, ...著者: Roujeinikova, A. / Levy, C.W. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, R.A. / Viner, R. / Rice, D.W.
履歴
登録1999年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4296
ポリマ－55,5232
非ポリマー1,9064
水2,144119
1
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,85912
ポリマ－111,0474
非ポリマー3,8128
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+11/61
Buried area22380 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area29920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.6, 80.6, 327.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE


分子量: 27761.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P29132, UniProt: P0AEK4*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, NA HEPES, AMMONIUM SULPHATE, pH 7.5, VAPOUR DIFFUSION, temperature 290K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: This particular structure is not described in this paper.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→999 Å / Num. obs: 153843 / % possible obs: 78 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.18→2.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化解像度: 2.2→20 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
RfactorSelection details
Rfree0.294 RANDOM
all0.223 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3804 0 122 119 4045
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rfactor all: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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