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万見
- PDB-1d88: CONFORMATIONAL INFLUENCE OF THE RIBOSE 2'-HYDROXYL GROUP: CRYSTAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d88
タイトルCONFORMATIONAL INFLUENCE OF THE RIBOSE 2'-HYDROXYL GROUP: CRYSTAL STRUCTURES OF DNA-RNA CHIMERIC DUPLEXES
要素DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*)-R(*AP*)-D(*TP*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / DNA-RNA HYBRID COMPLEX
機能・相同性DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Egli, M. / Usman, N. / Rich, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Conformational influence of the ribose 2'-hydroxyl group: crystal structures of DNA-RNA chimeric duplexes.
著者: Egli, M. / Usman, N. / Rich, A.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1992
タイトル: Large Scale Chemical Synthesis, Purification and Crystallization of RNA-DNA Chimeras
著者: Usman, N. / Egli, M. / Rich, A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of an Okazaki Fragment at 2 Angstroms Resolution
著者: Egli, M. / Usman, N. / Zhang, S. / Rich, A.
履歴
登録1992年8月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*)-R(*AP*)-D(*TP*AP*CP*GP*C)-3')
B: DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*)-R(*AP*)-D(*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1222
ポリマ－6,1222
非ポリマー00
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.250, 45.730, 45.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*)-R(*AP*)-D(*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3061.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NA CACODYLATE11
3MGCL211
4SPERMINE11
5WATER12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 6 / 詳細: Egli, M., (1992) Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 89, 534.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.5 mMoligonucleotide1dropsingle strand concentration
230 mMsodium cacodylate1drop
37.5 mMmagnesium chloride1drop
47.5 mMspermine tetrachloride1drop
540 %(v/v)MPD1reservoir
61

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. obs: 2285 / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rmerge F obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROLSQ(MODIFIED BY G.J.QUIGLEY)精密化
修飾BY G.J.QUIGLEY精密化
精密化最高解像度: 2 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.195 2285
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 406 0 94 500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.14
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. reflection obs: 2285 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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