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- PDB-1d7i: FKBP COMPLEXED WITH METHYL METHYLSULFINYLMETHYL SULFIDE (DSS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d7i
タイトルFKBP COMPLEXED WITH METHYL METHYLSULFINYLMETHYL SULFIDE (DSS)
要素PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
キーワードISOMERASE / IMMUNOPHILIN / FKBP / METHYL METHYLSULFINYLMETHYL SULFIDE / DSS
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding / signaling receptor inhibitor activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / FK506 binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mTORC1-mediated signalling / Calcineurin activates NFAT / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of immune response / heart morphogenesis / supramolecular fiber organization / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel regulator activity / protein maturation / T cell activation / sarcoplasmic reticulum / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / regulation of protein localization / protein refolding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL METHYLSULFINYLMETHYL SULFIDE / AMMONIUM ION / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Burkhard, P. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: X-ray structures of small ligand-FKBP complexes provide an estimate for hydrophobic interaction energies.
著者: Burkhard, P. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of the Rapamycin Human Immunophilin FKBP-12 Complex
著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Schreiber, S.L. / Clardy, J.
履歴
登録1999年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: software / struct_conf / struct_conf_type / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
B: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1508
ポリマ－23,6732
非ポリマー4776
水2,054114
1
A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0754
ポリマ－11,8371
非ポリマー2383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0754
ポリマ－11,8371
非ポリマー2383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1508
ポリマ－23,6732
非ポリマー4776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA, PQS
4
B: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1508
ポリマ－23,6732
非ポリマー4776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y,-z-11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.800, 36.450, 56.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

NH4

21A-403-

SO4

31B-402-

NH4

41B-404-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FK506-BINDING PROTEIN) / FKBP-12


分子量: 11836.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DSS / METHYL METHYLSULFINYLMETHYL SULFIDE


分子量: 124.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8OS2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 56 % SAT. AMMONIUM SULFATE 5 % METHYL SULFINYL- METHYL SULFOXIDE, 100 MM TRIS (PH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.6 mMprotein1drop
2340 mMDMSO1drop
350 mMTris-HCl1drop
428 %(w/v)ammonium sulfate1drop
71 MTris-HCl1reservoir
5ammonium sulfate1reservoir
6DMSO1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 14586 / % possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 0.063

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 408 3 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 14586 85 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 24 114 1802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.654
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 26.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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