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- PDB-1d7e: CRYSTAL STRUCTURE OF THE P65 CRYSTAL FORM OF PHOTOACTIVE YELLOW P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d7e
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE P65 CRYSTAL FORM OF PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
要素PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHOTORECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Van Aalten, D.M.F. / Crielaard, W. / Hellingwerf, K.J. / Joshua-Tor, L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Conformational substates in different crystal forms of the photoactive yellow protein--correlation with theoretical and experimental flexibility.
著者: van Aalten, D.M. / Crielaard, W. / Hellingwerf, K.J. / Joshua-Tor, L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: 1.4 A structure of photoactive yellow protein, a cytosolic photoreceptor: unusual fold, active site, and chromophore.
著者: Borgstahl, G.O. / Williams, D.R. / Getzoff, E.D.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of the photoactive yellow protein.
著者: Dux, P. / Rubinstenn, G. / Vuister, G.W. / Boelens, R. / Mulder, F.A.A.
履歴
登録1999年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6542
ポリマ－13,4901
非ポリマー1641
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.561, 40.561, 118.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN / PYP


分子量: 13490.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
プラスミド: PHISP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 2K, MES., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 17K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: used as seeds, Borgstahl, G.O., (1995) Biochemistry, 34, 6278.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.2 M1reservoirNH4SO4
220 mMsodium phosphate1reservoir
315 mg/mlprotein1drop
42.5 M1dropNH4SO4
520 mMsodium phosphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→15 Å / Num. all: 194171 / Num. obs: 194171 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.126 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.39 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 21796 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Num. measured all: 194171
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 2190 / Mean I/σ(I) obs: 21.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.39→8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER (IN SHELX)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1041 5 %RANDOM
Rwork0.139 ---
obs0.139 20594 100 %-
all-20594 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数942 0 11 211 1164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.92
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.139 / Rfactor obs: 0.138 / Rfactor Rwork: 0.139
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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