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- PDB-1d7a: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PURE-MONONUCLEOTIDE COMPLEX. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d7a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PURE-MONONUCLEOTIDE COMPLEX.
要素PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
キーワードLYASE / THREE-LAYER (ALPHA-BETA-ALPHA) SANDWICH N5-CAIR MUTASE (PURE) / AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE (AIR)
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mathews, I.I. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli PurE, an unusual mutase in the purine biosynthetic pathway.
著者: Mathews, I.I. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Evidence for the Direct Transfer of the Carboxylate of N5-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide (N5-Cair) to Generate 4-Carboxy-5- Aminoimidazole Ribonucleotide Catalyzed by Escherichia ...タイトル: Evidence for the Direct Transfer of the Carboxylate of N5-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide (N5-Cair) to Generate 4-Carboxy-5- Aminoimidazole Ribonucleotide Catalyzed by Escherichia Coli Pure, an N5-Cair Mutase
著者: Meyer, E. / Kappock, T.J. / Osuji, C. / Stubbe, J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Reactions Catalyzed by 5-Aminoimidazole Ribonucleotide Carboxylases from Escherichia Coli and Gallus Gallus: A Case for Divergent Catalytic Mechanisms
著者: Firestine, S.M. / Poon, S.W. / Mueller, E.J. / Stubbe, J. / Davisson, V.J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: N5-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide: Evidence for a New Intermediate and Two New Enzymatic Activities in the De Novo Purine Biosynthetic Pathway of Escherichia Coli
著者: Mueller, E.J. / Meyer, E. / Rudolph, J. / Davisson, V.J. / Stubbe, J.
#4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Nucleotide Sequence Analysis of the Purek Operon Encoding 5'-Phosphoribosyl-5-Aminoimidazole Carboxylase of Escherichia Coli K-12
著者: Tiedeman, A.A. / Keyhani, J. / Kamholz, J. / Daum III, H.A. / Gots, J.S. / Smith, J.M.
#5: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Identification and Sequence Analysis of Escherichia Coli Pure and Purk Genes Encoding 5'-Phosphoribosyl-5-Amino-4-Imidazole Carboxylase for De Novo Purine Biosynthesis
著者: Watanabe, W. / Sampei, G. / Aiba, A. / Mizobuchi, K.
履歴
登録1999年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
B: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
C: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
D: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
L: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
M: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
N: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
O: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,09212
ポリマ－136,9118
非ポリマー1,1814
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35430 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.92, 94.55, 149.96
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE


分子量: 17113.875 Da / 分子数: 8 / 断片: CATALYTIC SUBUNIT / 変異: M14(MSE), M23(MSE), M79(MSE), M110(MSE) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PNC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09028, UniProt: P0AG18*PLUS, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-AIR / 5-AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE / 1-(5-アミノ-1H-イミダゾ-ル-1-イル)-1-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-りん酸


分子量: 295.186 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N3O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, Ammonium Acetate, TRIS.HCl, 4-CARBOXY AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE (CAIR), pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120-22 %PEG40001reservoir
20.2 Mammonium acetate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 37498 / Num. obs: 37498 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Num. unique all: 5182 / % possible all: 83.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 99859
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 5 -RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.2 36925 --
obs0.2 36925 82 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9528 0 76 120 9724
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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