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- PDB-1d6n: TERNARY COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN HGPRTASE, PRPP, MG2+, AND THE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d6n
タイトルTERNARY COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN HGPRTASE, PRPP, MG2+, AND THE INHIBITOR HPP REVEALS THE INVOLVEMENT OF THE FLEXIBLE LOOP IN SUBSTRATE BINDING
要素PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / HGPRTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process ...Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / IMP metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / lymphocyte proliferation / Purine salvage / GMP salvage / grooming behavior / IMP salvage / striatum development / AMP salvage / dopaminergic neuron differentiation / purine nucleotide biosynthetic process / Azathioprine ADME / purine ribonucleoside salvage / dendrite morphogenesis / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / response to amphetamine / locomotory behavior / T cell mediated cytotoxicity / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-OL / Chem-PRP / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Balendiran, G.K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Ternary complex structure of human HGPRTase, PRPP, Mg2+, and the inhibitor HPP reveals the involvement of the flexible loop in substrate binding.
著者: Balendiran, G.K. / Molina, J.A. / Xu, Y. / Torres-Martinez, J. / Stevens, R. / Focia, P.J. / Eakin, A.E. / Sacchettini, J.C. / Craig III, S.P.
履歴
登録1999年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.82024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1448
ポリマ－48,0432
非ポリマー1,1016
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,28816
ポリマ－96,0864
非ポリマー2,20212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area12800 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area35470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.560, 65.850, 51.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE) / HGPRT


分子量: 24021.609 Da / 分子数: 2 / 変異: K68A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PBACPRT-68A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PPO / 3H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-OL


分子量: 136.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#4: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.3 mg/mlprotein1drop
21.4 mMHPP1drop
31.4 mMPRPP1drop
41.4 mM1dropMgCl2
543 mMHEPES1drop
613 %PEG40001drop
7100 mMHEPES1reservoir
830 %PEG40001reservoir

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 9320 / % possible obs: 76.2 %
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.112

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.174 / Rfactor obs: 0.174
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 0 69 49 3490
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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