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万見
- PDB-1d6k: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE 5S RRNA E-LOOP/L25 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d6k
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE 5S RRNA E-LOOP/L25 COMPLEX
要素
  • 5S RRNA E-LOOP (5SE)
  • RIBOSOMAL PROTEIN L25
キーワードRIBOSOME / PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to radiation / ribosomal large subunit assembly / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / structural constituent of ribosome / translation / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Stoldt, M. / Wohnert, J. / Ohlenschlager, O. / Gorlach, M. / Brown, L.R.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: The NMR structure of the 5S rRNA E-domain-protein L25 complex shows preformed and induced recognition.
著者: Stoldt, M. / Wohnert, J. / Ohlenschlager, O. / Gorlach, M. / Brown, L.R.
履歴
登録1999年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5S RRNA E-LOOP (5SE)
A: RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7382
ポリマ－22,7382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #2closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 5S RRNA E-LOOP (5SE)


分子量: 12024.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE RNA SEQUENCE WAS SYNTHESIZED VIA IN VITRO TRANSCIPTION (T7 POLYMERASE) OF A PLASMID DNA TEMPLATE.
#2: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPARATED NOESY
1213D 15N-SEPARATED NOESY
2323D F1-13C-FILTERED,F3-EDITED NOESY
5453D 13C-SEPARATED NOESY
3533D 15N-SEPARATED NOESY
3632D NOESY
3732D CPMG NOESY
6863D F1-13C-FILTERED,F3-EDITED NOESY
1913D F1-13C/15N-FILTERED,F3-EDITED NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
12MM L25 U-15N,13C/5SE NA; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 100MM KCL
22.2MM L25 U-15N,13C/5SE NA; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 100MM KCL
31.8MM L25 NA/5SE U-15N; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 100MM KCL
41MM L25 U-15N/5SE U-15N; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 100MM KCL
51.8MM L25 NA/5SE U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 100MM KCL
61.7MM L25 NA/5SE U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 100MM KCL
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM KCL 7.2 AMBIENT 298 K
2100mM KCL 7.2 AMBIENT 298 K
3100mM KCL 7.2 AMBIENT 298 K
4100mM KCL 7.2 AMBIENT 298 K
5100mM KCL 7.2 AMBIENT 298 K
6100mM KCL 7.2 AMBIENT 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.3Bcollection
XEASY1.3.9BARTELSデータ解析
DYANA1.5GUENTERT構造決定
OPAL/AMBER942.6LUGINBUEHL/CORNELL精密化
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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