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- PDB-1d6d: SOLUTION DNA STRUCTURE CONTAINING (A-A)-T TRIADS INTERDIGITATED B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d6d
タイトルSOLUTION DNA STRUCTURE CONTAINING (A-A)-T TRIADS INTERDIGITATED BETWEEN A-T BASE PAIRS AND GGGG TETRADS; NMR, 8 STRUCT.
要素5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / MULTI-STRANDED DNA ARCHITECTURE / G-TETRAD / T-(A-A) TRIAD / A(SYN)-A(ANTI) PLATFORM / ZIPPER MOTIF / BASE-SUGAR STACKING
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT, RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT
データ登録者Kuryavyi, V.V. / Kettani, A. / Wang, W. / Jones, R. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: A diamond-shaped zipper-like DNA architecture containing triads sandwiched between mismatches and tetrads.
著者: Kuryavyi, V. / Kettani, A. / Wang, W. / Jones, R. / Patel, D.J.
履歴
登録1999年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4832
ポリマ－7,4832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 100BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM,STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY, STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #3fewest violations,lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3741.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HUMAN TELOMERIC DNA, HUMAN IG SUPERFAMILY CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED PROTEIN GENE AND 16S RRNA OF HENRICA NIPONICA.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
141COSY-45
1511H-31P COSY ON ORIGINAL AND SITE-SPECIFIC SUBSTITUTED SAMPLES CONTAINING 8BR-A, 8BR-G,DU,5BR-DU,2,6-DA ANALOGS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
15-10 MM DNA (SINGLE STRANDS); 5MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER
25-10 MM DNA (SINGLE STRANDS); 5MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER
35-10 MM DNA (SINGLE STRANDS); 5MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER;SINGLE BASE SUBSTITUTED FOR 8-BRDG, 8-BRDA, DU, 5BRDU OR 2,6DA.
45-10 MM DNA (SINGLE STRANDS); 5MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER;SINGLE BASE SUBSTITUTED FOR 8-BRDG, 8-BRDA, DU, 5BRDU OR 2,6DA.
試料状態イオン強度: 150mM NACL / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VARIAN UNITY INOVA / 製造業者: Varian / モデル: VARIAN UNITY INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1A.BRUNGER精密化
VNMR5VARIANcollection
Felix97BIOSYMデータ解析
X-PLOR3.1A.BRUNGER構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT, RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: A TOTAL OF 100 INITIAL DNA STRUCTURES WERE GENERATED USING THE METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY PROTOCOL OF X-PLOR WITH THE DISTANCE RESTRAINTS OBTAINED EXPERIMENTALLY SPECIFIED AS NOE WITH ...詳細: A TOTAL OF 100 INITIAL DNA STRUCTURES WERE GENERATED USING THE METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY PROTOCOL OF X-PLOR WITH THE DISTANCE RESTRAINTS OBTAINED EXPERIMENTALLY SPECIFIED AS NOE WITH THE "SUM" AVERAGING OPTION.TEN BEST STRUCTURES SELECTED ON THE BASIS OF GOOD COVALENT GEOMETRY, LOW DISTANCE RESTRAINT VIOLATION AND FAVOURABLE NON-BONDED ENERGY WERE FURTHER OPTIMIZED WITH RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, MOLECULAR MECHANICS AND RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT.THE PROTOCOLS ARE AS FOLLOWS. THE DYNAMICS WAS INITIATED AT 300K AND THE TEMPERATURE WAS INCREASED TO 1000K DURING 7PS. AFTER 0.5 PS THE FORCE CONSTANTS WERE GRADUALLY SCALED DURING 17.5 PSEC IN THE PROPORTION 1: 4:8 FOR THREE CLASSES OF NOE: EXCHANGEABLE, NONEXCHANGEABLE AND HYDROGEN BONDS, RESP. THE STRUCTURES WERE THEN SLOWLY COOLED TO 300K IN 2.8 PS AND EQUILIBRATED AT 300K FOR 12 PS. THE COORDINATES SAVED EVERY 0.5 PS DURING THE LAST 4.0 PS WERE AVERAGED AND THE AVERAGE STRUCTURE WAS SUBJECTED TO 3000 STEPS OF MINIMIZATION. THE HYDROGEN BONDS OF THE GGGG TETRADS, AND NON- CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINTS WERE MAINTAINED THROUGHOUT. THE OBTAINED STRUCTURES WERE SUBJECTED TO RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT. THE INTENSIY VOLUMES WERE USED AS RESTRAINTS. THE RELAXATION PATHWAYS WERE CALCULATED USING CUTOFF 4.5 ANGSTROM AND 7.25 NS ISOTROPIC CORRELATION TIME. THE STRUCTURES EXHIBIT PAIRWISE R.M.S.D. VALUE OF 1.16 A. IN TWO STRUCTURES THE RESIDUES T6 AND T8 DEVIATE FROM TWO CLUSTERS FORMED BY REST OF 8 STRUCTURES, AND THESE TWO STRUCTURES WERE OMITTED FROM DEPOSITION.
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM,STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY, STRUCTURES ...コンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM,STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY, STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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