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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d58 | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE MOLECULAR STRUCTURE OF A 4'-EPIADRIAMYCIN COMPLEX WITH D(TGATCA) AT 1.7 ANGSTROM RESOLUTION-COMPARISON WITH THE STRUCTURE OF 4'-EPIADRIAMYCIN D(TGTACA) AND D(CGATCG) COMPLEXES | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | 4'-EPIDOXORUBICIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | データ登録者 | Langlois D'Estaintot, B. / Gallois, B. / Brown, T. / Hunter, W.N. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1992 | タイトル: The molecular structure of a 4'-epiadriamycin complex with d(TGATCA) at 1.7A resolution: comparison with the structure of 4'-epiadriamycin d(TGTACA) and d(CGATCG) complexes. 著者: Langlois d'Estaintot, B. / Gallois, B. / Brown, T. / Hunter, W.N. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d58.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d58.ent.gz | 7.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d58_validation.pdf.gz | 737.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d58_full_validation.pdf.gz | 743.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d58_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d58_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/1d58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/1d58 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM6 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.7 Å / Num. all: 10067 / Num. obs: 5730 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.102 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.7→7 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.202 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |