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- PDB-1d4r: 29-mer fragment of human srp rna helix 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d4r
タイトル29-mer fragment of human srp rna helix 6
要素(29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6) x 2
キーワードRNA / A-RNA HELIX / GGAG/GAGG BULGE / AC/CA TANDEM MISMATCH / GU WOBBLE BASE PAIRS / 2'3' -CYCLIC PHOSPHATE
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Wild, K. / Weichenrieder, O. / Leonard, G.A. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The 2 A structure of helix 6 of the human signal recognition particle RNA
著者: Wild, K. / Weichenrieder, O. / Leonard, G.A. / Cusack, S.
履歴
登録1999年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6
B: 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6
C: 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6498
ポリマ－28,5283
非ポリマー1225
水2,198122
1
A: 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6
B: 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1366
ポリマ－19,0392
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6
ヘテロ分子

C: 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0264
ポリマ－18,9772
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)42.980, 42.980, 231.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6


分子量: 9550.621 Da / 分子数: 1 / 断片: NON-NATIVE DUPLEX / 変異: C28U / 由来タイプ: 合成
詳細: THE RNA WAS PRODUCED BY T7 RNA POLYMERASE IN VITRO TRANSCRIPTION USING RIBOZYME TECHNOLOGY. THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HUMANS
#2: RNA鎖 29-MER OF MODIFIED SRP RNA HELIX 6


分子量: 9488.656 Da / 分子数: 2 / 断片: NON-NATIVE DUPLEX / 変異: C28U / 由来タイプ: 合成
詳細: THE RNA WAS PRODUCED BY T7 RNA POLYMERASE IN VITRO TRANSCRIPTION USING RIBOZYME TECHNOLOGY. THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HUMANS
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 MM MGCL2, 1 MM SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, 50 MM MES, 15-20% (W/V) PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MGCL211
2SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE11
3MES11
4PEG 800011
5PEG 800012
6MGCL212
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mM1reservoirMgCl2
250 mMMES1reservoir
315-20 %(w/v)PEG80001reservoir
41
51

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→76 Å / Num. all: 17877 / Num. obs: 17877 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 76 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
SOLVE位相決定
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 2→38.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 929754.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: NO RESTRAINTS WERE USED FOR NCS OR RNA GEOMETRY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 859 4.8 %RANDOM
Rwork0.264 ---
all0.275 17808 --
obs0.264 17808 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.59 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.72 Å21.23 Å20 Å2
2--8.72 Å20 Å2
3----17.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2030 25 122 2177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 144 5 %
Rwork0.403 2756 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA-ALLATOM-MOD.PARAMDNA-RNA-ALLATOM-MOD.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MG-MOD.PARAMMG-MOD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg0
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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