+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d48 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF THE PURE-SPERMINE FORM OF Z-DNA (MAGNESIUM FREE) AT 1 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Egli, M. / Williams, L.D. / Gao, Q. / Rich, A. | ![]() ![]() タイトル: Structure of the pure-spermine form of Z-DNA (magnesium free) at 1-A resolution. 著者: Egli, M. / Williams, L.D. / Gao, Q. / Rich, A. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 16.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 10.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 329.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 340 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-SPM / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.11 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1 Å / Num. all: 10900 / Num. obs: 8200 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 1.2 Å / % possible obs: 35 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.002 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 最高解像度: 1 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.185 / Num. reflection obs: 8183 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 5 Å / 最低解像度: 10 Å / Total num. of bins used: 8 / Rfactor all: 0.185 |