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万見
- PDB-2f8w: Crystal structure of d(CACGTG)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8w
タイトルCrystal structure of d(CACGTG)2
要素5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3'
キーワードDNA / d(CACGTG) / Polyamine / Z-DNA / 1 / 3-propanediamine
機能・相同性1,3-DIAMINOPROPANE / SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Narayana, N. / Shamala, N. / Ganesh, K.N. / Viswamitra, M.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Interaction between the Z-Type DNA Duplex and 1,3-Propanediamine: Crystal Structure of d(CACGTG)2 at 1.2 A Resolution
著者: Narayana, N. / Shamala, N. / Ganesh, K.N. / Viswamitra, M.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Structure of the pure-spermine form of Z-DNA (magnesium free) at 1-resolution
著者: Egli, M. / Williams, L.D. / Gao, Q. / Rich, A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of d(TGCGCA)2 at 293 K: comparison of the effects of sequence and temperature
著者: Thiyagarajan, S. / Satheesh Kumar, P. / Rajan, S.S. / Gautham, N.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Sequence-dependent microheterogeneity of Z-DNA: The crystal and molecular structures of d(CACGCG).d(CGCGTG) and d(CGCACG).d(CGTGCG)
著者: Sadasivan, C. / Gautham, N.
#4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Cobalt hexammine induced tautomeric shift in Z-DNA: the structure of d(CGCGCA)*d(TGCGCG) in two crystal forms
著者: Thiyagarajan, S. / Rajan, S.S. / Gautham, N.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of d(TGCGCA)2 and a comparison to other DNA hexamers.
著者: Harper, A. / Brannigan, J.A. / Buck, M. / Hewitt, L. / Lewis, R.J. / Moore, M.H. / Schneider, B.
#6: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1988
タイトル: Structure of d(CACGTG), Z-DNA hexamer containing AT base pairs
著者: Coll, M. / Fita, I. / Lloveras, J. / Subirana, J.A. / Bardella, F. / Huynh-Dinh, T. / Igolen, J.
履歴
登録2005年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN Ligand Z5 in the manuscript is labeled as 13D in the coordinate file.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8954
ポリマ－3,6182
非ポリマー2762
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)18.420, 30.740, 43.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a duplex. The coordinates deposited will generate the biological assembly. There is no need for symmetry operations to generate the biological assembly.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物 ChemComp-13D / 1,3-DIAMINOPROPANE / 1,3-プロパンジアミン


分子量: 74.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H10N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7.5 mM sodium cacodylate, 2.5 mM SrCl2, 2.5 mM spermine, 50% Isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2SrCl211
3spermine11
4Isopropanol11
5H2O11
6sodium cacodylate12
7SrCl212
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1987年2月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 8124 / Num. obs: 5687 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / Rsym value: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CAD4データ収集
CAD4associated programデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CAD4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D48

1d48


解像度: 1.2→6 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 詳細: X-PLOR
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 93 1.5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.183 ---
obs0.183 5687 70 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 19 71 330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.18
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg32.14
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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