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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d3v | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH 2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID, AN L-ARGININE ANALOG | ||||||
![]() | PROTEIN (ARGINASE) | ||||||
![]() | HYDROLASE / BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER / BORONIC ACID INHIBITOR / PERFECTLY TWINNED CRYSTAL | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / arginine metabolic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / arginase / arginase activity ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / arginine metabolic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / response to methylmercury / response to vitamin A / response to herbicide / response to steroid hormone / response to manganese ion / Neutrophil degranulation / response to zinc ion / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / response to axon injury / response to vitamin E / response to amino acid / maternal process involved in female pregnancy / cellular response to interleukin-4 / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cox, J.D. / Kim, N.N. / Traish, A.M. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Arginase-boronic acid complex highlights a physiological role in erectile function. 著者: Cox, J.D. / Kim, N.N. / Traish, A.M. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 388.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 395.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35019.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.1 / 詳細: pH 8.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.927 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 32367 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / % possible all: 59.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 66822 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Num. measured all: 126870 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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