PDB-1d33: Formaldehyde cross-links daunorubicin and DNA efficiently: HPLC a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1d33

タイトル

Formaldehyde cross-links daunorubicin and DNA efficiently: HPLC and X-RAY diffraction studies

要素

5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3'

キーワード

DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED

機能・相同性

DAUNOMYCIN / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wang, A.H.-J. / Gao, Y.-G. / Liaw, Y.-C. / Li, Y.-K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Formaldehyde cross-links daunorubicin and DNA efficiently: HPLC and X-ray diffraction studies.
著者: Wang, A.H. / Gao, Y.G. / Liaw, Y.C. / Li, Y.K.

履歴

登録	1991年2月27日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1992年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1d33.cif.gz	15.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1d33.ent.gz	9.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1d33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1d33_validation.pdf.gz	415.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1d33_full_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示
XML形式データ	1d33_validation.xml.gz	2.7 KB	表示
CIF形式データ	1d33_validation.cif.gz	3.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d34C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d34-1 1d35-1 1d37-1 482d-1 215d-1 1qda-1 1d14-1 288d-1 236d-1 2des-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3'

ヘテロ分子

2.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3'

ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
4.75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.943, 27.943, 52.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Cell setting	tetragonal
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: DNA鎖	5'-D(CPGPCP(G49)PCPG)-3' 分子量: 1824.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN / ダウノルビシン分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₁₀ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	A METHYLENE GROUP LINKS THE N3* ATOM OF DAUNOMYCIN AND N2 G A 4.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.99 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	HCHO	1	1
4	BACL2	1	1
5	NA CACODYLATE	1	1
6	SPERMINE	1	1
7	WATER	1	2
8	HCHO	1	2
9	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	1.2 mM	d(CGCGCG)	1	drop	single strand
2	4 mM		1	drop		BaCl2
3	30 mM	sodium cacodylate	1	drop
4	2.5 mM	spermine	1	drop
5	1.2 mM	DAU	1	drop
6	9 mM		1	drop	plus 5%(v/v) MPD	HCHO
7	1 mM		1	reservoir		HCHO
8	40 %	MPD	1	reservoir
9			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(F): 3

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 1.5 Å / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
obs	0.185	2229

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	120	40	65	225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / σ(F): 3 / R_factor obs: 0.185 / Num. reflection obs: 2229

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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