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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d26 | ||||||||||||||||||
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タイトル | EFFECT OF A SINGLE 3'-METHYLENE PHOSPHONATE LINKAGE ON THE CONFORMATION OF AN A-DNA OCTAMER DOUBLE HELIX | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.12 Å | データ登録者 | Heinemann, U. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1991 タイトル: Effect of a single 3'-methylene phosphonate linkage on the conformation of an A-DNA octamer double helix. 著者: Heinemann, U. / Rudolph, L.N. / Alings, C. / Morr, M. / Heikens, W. / Frank, R. / Blocker, H. #1: ジャーナル: Structure and Methods. DNA and RNA / 年: 1990 タイトル: Structural Features of G/C-Rich DNA Going A or B 著者: Heinemann, U. / Alings, C. / Lauble, H. #2: ジャーナル: Nucleosides and Nucleotides / 年: 1990 タイトル: X-Ray Studies of DNA Aiming at Elucidating the Sequence-Structure Code 著者: Heinemann, U. / Alings, C. / Lauble, H. #3: ジャーナル: Nucleosides and Nucleotides / 年: 1988 タイトル: X-Ray Crystallographic Studies of the A-Form of DNA 著者: Heinemann, U. / Lauble, H. / Frank, R. / Bloecker, H. #4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1987 タイトル: Crystal Structure Analysis of an A-DNA Fragment at 1.8 Angstroms Resolution: d(GCCCGGGC) 著者: Heinemann, U. / Lauble, H. / Frank, R. / Bloecker, H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d26.cif.gz | 14 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d26.ent.gz | 8.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d26.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/1d26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/1d26 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, MICRODIALYSIS, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 |
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検出器 | タイプ: ARNDT-WONACOTT / 検出器: OSCILLATION CAMERA |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→6 Å / Num. obs: 1303 / Observed criterion σ(F): 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.12→6 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.12 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 1197 / σ(I): 3 / Rfactor obs: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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