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万見
- PDB-1d1r: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE PRODUCT OF THE E. COLI YCIH GENE. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1r
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE PRODUCT OF THE E. COLI YCIH GENE.
要素HYPOTHETICAL 11.4 KD PROTEIN YCIH IN PYRF-OSMB INTERGENIC REGION
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / ALPHA-BETA PLAIT / OPEN-FACED BETA SANDWICH / FERREDOXIN-LIKE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


translation reinitiation / formation of translation preinitiation complex / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Archaeal/bacterial translation initiation factor SUI1 / : / SUI1-like domain / Translation Initiation Factor Eif1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YciH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING
データ登録者Cort, J.R. / Koonin, E.V. / Bash, P.A. / Kennedy, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: A phylogenetic approach to target selection for structural genomics: solution structure of YciH.
著者: Cort, J.R. / Koonin, E.V. / Bash, P.A. / Kennedy, M.A.
履歴
登録1999年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 11.4 KD PROTEIN YCIH IN PYRF-OSMB INTERGENIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4881
ポリマ－12,4881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with the lowest energy
代表モデルモデル #4closest to the average

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL 11.4 KD PROTEIN YCIH IN PYRF-OSMB INTERGENIC REGION


分子量: 12488.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET-29B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08245

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1134D 13C-SEPARATED NOESY
1252D NOESY
1323D 15N-SEPARATED NOESY
142HMQC-J
1513D SIMULTANEOUS 15N, 13C-SEPARATED NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
12-3 MM YCIH U-15N,13C; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 90% H2O, 10% D2O
22-3 MM YCIH U-15N; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 90% H2O, 10% D2O
32-3 MM YCIH U-15N,13C; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 99% D2O
42-3 MM YCIH U-15N; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 99% D2O
52-3 MM YCIH; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 200 mM NACL, 50 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7502
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
Felix97MSI構造決定
VNMR6.1AVARIAN構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: OF 358 TOTAL RESTRAINTS, 311 ARE DISTANCE RESTRAINTS AND 47 ARE DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. OF THE DISTANCE RESTRAINTS, 32 ARE HYDROGEN BOND RESTRAINTS (TWO PER H-BOND), 93 ARE SEQUENTIAL, 50 ...詳細: OF 358 TOTAL RESTRAINTS, 311 ARE DISTANCE RESTRAINTS AND 47 ARE DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. OF THE DISTANCE RESTRAINTS, 32 ARE HYDROGEN BOND RESTRAINTS (TWO PER H-BOND), 93 ARE SEQUENTIAL, 50 ARE MEDIUM RANGE, AND 136 ARE LONG RANGE. NO INTRARESIDUE DISTANCE RESTRAINTS WERE USED.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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