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- PDB-1d1l: CRYSTAL STRUCTURE OF CRO-F58W MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1l
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CRO-F58W MUTANT
要素LAMBDA CRO REPRESSOR
キーワードVIRAL PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of viral transcription / core promoter sequence-specific DNA binding / response to UV / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CRO Repressor / Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / CRO Repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Mollah, A.K. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structural basis for enhanced stability and reduced DNA binding seen in engineered second-generation Cro monomers and dimers.
著者: Rupert, P.B. / Mollah, A.K. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
履歴
登録1999年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9792
ポリマ－6,8831
非ポリマー961
水27015
1
A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9584
ポリマ－13,7662
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
2
A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9168
ポリマ－27,5324
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
3
A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9168
ポリマ－27,5324
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.860, 67.300, 91.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 LAMBDA CRO REPRESSOR


分子量: 6882.875 Da / 分子数: 1 / 断片: LAMBDA CRO REPRESSOR / 変異: F58W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03040
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.2 M NH4SO4, 6% isopropanol, including a layer of Hampton's "Al's oil", pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.2 Mammonium sulfate1reservoir
26 %(w/v)isopropanol1reservoir
311 mg/mlprotein1drop
4Al's oil1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 24029 / Num. obs: 5304 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射
*PLUS
Num. measured all: 24029

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 530 -random
Rwork0.181 ---
all-5703 --
obs-5304 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数484 0 5 15 504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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