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- PDB-1d1k: MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH REC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1k
タイトルMUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE
要素SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B
キーワードTOXIN / RECEPTOR BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated modulation of host virulence / symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shiga-like toxin 1 subunit B / Shiga-like toxin 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Phage h30 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ling, H. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mutated Shiga-like toxin B subunit (D17E/W34A) complexed with receptor Gb3 analogue
著者: Ling, H. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
履歴
登録1999年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B
B: SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B
C: SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B
D: SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B
E: SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,51010
ポリマ－37,9885
非ポリマー2,5225
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.223, 44.131, 53.710
Angle α, β, γ (deg.)106.05, 106.38, 99.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細homopentamer, active as a pentamer

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要素

#1: タンパク質
SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B


分子量: 7597.528 Da / 分子数: 5 / 断片: SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN / 変異: D17E,W34A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage h30 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08027, UniProt: P69178*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 M K,NA TARTRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.8 Å / Num. all: 24420 / Num. obs: 22215 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.73 % / Biso Wilson estimate: 20.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique all: 400 / % possible all: 41.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2→25.8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum likelihood F target, with NCS restraints
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1155 4.7 %Thin Shells through whole resolution range
Rwork0.193 ---
all-24420 --
obs-22215 91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.319 Å2-1.071 Å21.943 Å2
2---2.845 Å20.197 Å2
3----1.473 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 170 246 3076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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