+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d1k | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE | |||||||||
![]() | SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B | |||||||||
![]() | TOXIN / RECEPTOR BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD | |||||||||
機能・相同性 | ![]() modulation of host virulence by virus / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Ling, H. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutated Shiga-like toxin B subunit (D17E/W34A) complexed with receptor Gb3 analogue 著者: Ling, H. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 65.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | homopentamer, active as a pentamer |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7597.528 Da / 分子数: 5 / 断片: SHIGA TOXIN I BINDING DOMAIN / 変異: D17E,W34A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.4 M K,NA TARTRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25.8 Å / Num. all: 24420 / Num. obs: 22215 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.73 % / Biso Wilson estimate: 20.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.17 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique all: 400 / % possible all: 41.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2→25.8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum likelihood F target, with NCS restraints
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.26 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25.8 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|