PDB-1d1f: SOLUTION STRUCTURE OF LACTAM-BRIDGED C-TERMINAL ANALOGUE-III OF N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1d1f

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF LACTAM-BRIDGED C-TERMINAL ANALOGUE-III OF NEUROPEPTIDE Y

要素

C-TERMINAL ANALOGUE OF NEUROPEPTIDE Y, A POTENT Y2 RECEPTOR AGONIST

キーワード

NEUROPEPTIDE / LACTAM-BRIDGED / HELIX

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Yao, S. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002
タイトル: Stabilization of the helical structure of Y2-selective analogues of neuropeptide Y by lactam bridges.
著者: Yao, S. / Smith-White, M.A. / Potter, E.K. / Norton, R.S.

履歴

登録	1999年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: citation_author / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...citation_author / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _citation_author.name / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1d1f.cif.gz	94.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1d1f.ent.gz	65 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1d1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1d0wC 1d1eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1d0w-d 6v1n-d 5mlo-3 2dpq-d 2bp4-d 6cor-d 6bvu-d 1mzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C-TERMINAL ANALOGUE OF NEUROPEPTIDE Y, A POTENT Y2 RECEPTOR AGONIST

1.78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	C-TERMINAL ANALOGUE OF NEUROPEPTIDE Y, A POTENT Y2 RECEPTOR AGONIST 分子量: 1776.055 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL ANALOGUE / 変異: L24A, I28K, T32E / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

-
試料調製

詳細	内容: 4.0 MG IN 0.6ML H2O CONTAINING 30% TFE-D3 (BY VOLUME)
試料状態	pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	BRUKER	collection
XEASY	1.3	BARTELS	データ解析
X-PLOR	3.85	BRUNGER	構造決定
X-PLOR	3.85	BRUNGER	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS CALCULATED USING A TOTAL OF 114 UPPER BOUND DISTANCE RESTRAINTS AND 9 BACKBONE DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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