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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d11 | ||||||||||||||||||
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タイトル | INTERACTIONS BETWEEN AN ANTHRACYCLINE ANTIBIOTIC AND DNA MOLECULAR STRUCTURE OF DAUNOMYCIN COMPLEXED TO D(CPGPTPAPCPG) AT 1.2-ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DAUNOMYCIN / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Wang, A.H.-J. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Rich, A. | ![]() ![]() タイトル: Interactions between an anthracycline antibiotic and DNA: molecular structure of daunomycin complexed to d(CpGpTpApCpG) at 1.2-A resolution. 著者: Wang, A.H. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Rich, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 17.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM1 / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: other | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS Crystal-ID: 1
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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検出器 | タイプ: NICOLET P3X / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.2 Å / Num. all: 13258 / Num. obs: 9238 / Observed criterion σ(F): 2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.18→10 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.18→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / Num. reflection obs: 5133 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d |