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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d0y | ||||||
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タイトル | DICTYOSTELIUM MYOSIN S1DC (MOTOR DOMAIN FRAGMENT) COMPLEXED WITH O-NITROPHENYL AMINOETHYLDIPHOSPHATE BERYLLIUM FLUORIDE. | ||||||
要素 | MYOSIN S1DC MOTOR DOMAIN | ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / MYOSIN / MOTILITY / ACTIN-BINDING / MOTOR DOMAIN / NANOLOGS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / actomyosin contractile ring / hypotonic response / uropod / actin-myosin filament sliding / detection of mechanical stimulus / negative regulation of actin filament polymerization / apical cortex / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / myosin filament / filopodium assembly / early phagosome / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton organization / microfilament motor activity / cortical actin cytoskeleton / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / 14-3-3 protein binding / response to cAMP / extracellular matrix / cell motility / response to hydrogen peroxide / chemotaxis / actin filament binding / protein localization / regulation of cell shape / cell cortex / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Gulick, A.M. / Bauer, C.B. / Thoden, J.B. / Pate, E. / Yount, R.G. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: X-ray structures of the Dictyostelium discoideum myosin motor domain with six non-nucleotide analogs. 著者: Gulick, A.M. / Bauer, C.B. / Thoden, J.B. / Pate, E. / Yount, R.G. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d0y.cif.gz | 176.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d0y.ent.gz | 137.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d0y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d0y_validation.pdf.gz | 692.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d0y_full_validation.pdf.gz | 742.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d0y_validation.xml.gz | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d0y_validation.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d0y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86735.109 Da / 分子数: 1 / 断片: S1DC MOTOR DOMAIN / 変異: Q760P, R761N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 発現宿主: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 参照: UniProt: P08799 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ONP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 8.3 % PEG 8000 125 MM NACL 3 MM DTT, pH 7.0, MICROBATCH, temperature 4.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1996年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 59396 / Num. obs: 59396 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / % possible all: 78.2 |
反射 | *PLUS Num. all: 68586 / Num. measured all: 146074 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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