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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d0s | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NICOTINATE MONONUCLEOTIDE : 5,6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (COBT) FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM COMPLEXED WITH 5, 6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE | ||||||
![]() | NICOTINATE MONONUCLEOTIDE:5,6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DINUCLEOTIDE-BINDING MOTIF / PHOSPHORIBOSYL TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Cheong, C.-G. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structures of nicotinate mononucleotide:5,6- dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT) from Salmonella typhimurium complexed with 5,6- ...タイトル: The three-dimensional structures of nicotinate mononucleotide:5,6- dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT) from Salmonella typhimurium complexed with 5,6-dimethybenzimidazole and its reaction products determined to 1.9 A resolution. 著者: Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36645.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q05603, nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.3 M NH4H2PO4/(NH4)2HPO4, 1 MM 5,6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE, 4 % POLYETHYLENEGLYCOL 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 42 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 274 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年8月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 27320 / Num. obs: 24807 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 1.7 % / % possible all: 64.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.172 / Rfactor Rwork: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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