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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d0h | |||||||||
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タイトル | THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH N-ACETYL-GALACTOSAMINE | |||||||||
![]() | PROTEIN (TETANUS TOXIN HC) | |||||||||
![]() | TOXIN / BETA TREFOIL / JELLY-ROLL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Emsley, P. / Fotinou, C. / Black, I. / Fairweather, N.F. / Charles, I.G. / Watts, C. / Hewitt, E. / Isaacs, N.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structures of the H(C) fragment of tetanus toxin with carbohydrate subunit complexes provide insight into ganglioside binding. 著者: Emsley, P. / Fotinou, C. / Black, I. / Fairweather, N.F. / Charles, I.G. / Watts, C. / Hewitt, E. / Isaacs, N.W. #1: ![]() タイトル: Structure of the Receptor Binding Fragment Hc of Tetanus Neurotoxin 著者: Umland, T.C. / Wingert, L.M. / Swaminathan, S. / Furey, W. / Schmidt, J.J. / Sax, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 477.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53808.492 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN 変異: ADDITION OF THE SEQUENCE MGHGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHML AT THE N-TERMINAL RESIDUE 872 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 34754 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 40 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Num. measured all: 238621 / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 1.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: PHASES FROM ISOMORPHOUS STRUCTURE, THE HC-LACTOSE COMPLEX 解像度: 2.1→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: USE OF MAXIMUM LIKELIHOOD REFINEMENT AS IMPLEMENTED IN REFMAC
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |