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- PDB-1czq: CRYSTAL STRUCTURE OF THE D10-P1/IQN17 COMPLEX: A D-PEPTIDE INHIBI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1czq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE D10-P1/IQN17 COMPLEX: A D-PEPTIDE INHIBITOR OF HIV-1 ENTRY BOUND TO THE GP41 COILED-COIL POCKET.
要素
  • D-PEPTIDE INHIBITOR
  • FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GCN4-PIQI
キーワードViral protein/inhibitor / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / Viral protein-inhibitor COMPLEX
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Hong, L.H. / Carr, P.A. / Kim, P.S.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Inhibiting HIV-1 entry: discovery of D-peptide inhibitors that target the gp41 coiled-coil pocket.
著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Hong, L.H. / Carr, P.A. / Kim, P.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of GCN4-pIQI, a trimeric coiled-coil with buried polar residues.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Core structure of gp41 from the HIV envelope glycoprotein
履歴
登録1999年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GCN4-PIQI
D: D-PEPTIDE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3633
ポリマ－7,3282
非ポリマー351
水2,702150
1
A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GCN4-PIQI
D: D-PEPTIDE INHIBITOR
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GCN4-PIQI
D: D-PEPTIDE INHIBITOR
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GCN4-PIQI
D: D-PEPTIDE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0899
ポリマ－21,9836
非ポリマー1063
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9460 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.829, 41.829, 84.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

CL

21A-1020-

HOH

31A-1063-

HOH

41A-1088-

HOH

51A-1107-

HOH

61A-1109-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GCN4-PIQI / IQN17


分子量: 5468.566 Da / 分子数: 1 / 断片: HYDROPHOBIC POCKET / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae, Human immunodeficiency virus
属: Saccharomyces, Lentivirus / 生物種: , / 株: , / 参照: GenBank: 1587615
#2: タンパク質・ペプチド D-PEPTIDE INHIBITOR / D10-P1


分子量: 1859.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 4000 0.1 M SODIUM CITRATE 20% 2-PROPANOL, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.4 mMIQN171drop
21.5 mMD10-p11drop
310 %PEG40001reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoir
520 %2-propanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.1197, 1.1393, 1.1403, 1.1399
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11971
21.13931
31.14031
41.13991
反射解像度: 1.5→35 Å / Num. all: 14503 / Num. obs: 13604 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS0.5精密化
精密化解像度: 1.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 646169.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1362 10 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.214 14322 --
obs0.214 13549 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.34 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.61 Å21.74 Å20 Å2
2--3.61 Å20 Å2
3----7.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数515 0 1 150 666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9562
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5033
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8533
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6763.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 219 9.8 %
Rwork0.233 2008 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_D.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg15.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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